清代有陆军、水师两个军种。陆军有步兵和骑兵两个兵种：八旗兵由于骑兵多，以骑射为特点，因之盔甲、弓箭及所佩刀为各营经常使用的战守武器。除大炮自明末以来吸取西法制造外，其它刀枪矛箭，都是中国两千年来的旧传。清代前、中期在武器上实无多大特殊之处。
一、部队军医的派遣
在鸦片战争前，清沿袭明代的制度，军医也由太医院派遣。如果军队需要医生时，由礼部选派两名医生乘驿前往，并派遣兵部官一人伴送，也有奉特旨前住部队的。
总之，清代在新军成立以前，军队中似无固定的军医名额。遇有将士患病，多系临时奏请派遣，据《东华录》的记载，从乾隆以至光绪朝，一般高级将领负伤或疾病时，如军情紧急或病势较轻，则派御医或医官前往，令其在营调治，或至附近城市与省城就医，藉资坐镇；如病情严重，则给假返里，或回京调治。
至于战士则仅在夏季或疫病流行时，由太医院配发时症药物及急救药品。如痧药、平安丹、回生第一仙丹及如意拔毒散等，其余受伤患病兵丁，战时在营调养，战后则遣回治疗。这样，在军队中既无固定军医，又无经常卫生设施，只是临时应付，根本不能解决军队的医疗防疫问题，一旦疾疫流行，便束手无策。如湘军与太平军之战，鲍超一军病者6670人，死者数千，溃不成军，就是很好的证明。
二、对渎职医官及官员的处分
因为军医随军作战比较辛苦，一般医生多不愿充任而雇人代替。《大清会典・太医院》规定：随征医官，如果私自以庸医充代的，必须治罪。还规定凡军士在镇守地方患病，镇守官不备文请求医治的，笞四十；因而致死的，杖八十，若该省部门，不差拨良医，或不治对症医治者，同样冶罪。
三、对严寒酷暑所致疾病的预防
在严寒酷暑中行军，常易发生冻伤或中暑，所以在各家兵书中，对如何预防严寒酷暑所致疾病的发生多有记载。如《揭子战书・暑战》中即提出：“暑气能生疾疫，毋使久暴日中，为日暴则常饵辟暑药而疾战敌。为日暴当竣日盛，盔甲烙手，乃出。盖寒瘃则阳气衰，暑盛则阳气痿，力靡可克也，”又如“乘雪而袭，因雪而捣，皆乱不疑，必万有胜理，乃出也。……军宜聚处，饵热性之物，及热钦食而后行，不当数出，令受风寒；不然，寒甚倒人之血脉，在北地人有指堕体僵，颠殒不支者，可不畏哉！”
四、对火器伤的治疗
明季从西洋输入佛郎机大炮，尔后，又有鸟枪、手铳等。其余伤力视冷兵器倍增，成为当时军医所遭遇的新课题。他们对大炮所伤，束手无策，仅对于弹创伤稍有处置办法。但其治疗原则仍与过去治箭头入肉不出相同。明末清初的赵吉士(1628～1706年)所撰《寄园寄所寄・驱睡寄》引《客中闲集》说：“刘荐叔曰：近日行伍中，惟以干苋菜与沙糖涂之，能出箭头与铅炮子”。至乾隆时，曾恒德《洗冤录表》用南瓜瓤敷贴创口，使肉里枪子自出方，以及后来《军中医方备要》等书，仍旧将治疗箭镞不出的医方，移作治疗子弹不出的创伤之用。
至于用物理方法以灌取夹在肉内的枪弹，则在清初《调燮类篇》的“方抄类”中，已载有“沿取铅子陷肉不出方”，如“铅子入内者，用水银从伤处灌入，则铅随水银而出”，《军中医方备要》及《行军方便方》等书也用此法。此法系利用高比重的液体性水银浮出铅弹，其构思是合理的，但如不能及时挤出弹道内的水银，可能引起毒害。
其后，曾恒德《洗冤录表》载：“枪子伤人着肉里者，以大吸铁石吸子，其子自出”，《军中医方备要》诸书，也有此说，但对铜子就没有办法，不得不采用外科手术。此法首见于《军中医方备要》，在“中枪炮伤”条中说：“苦铜子难出，必用利刀割而取之，取尽方无患，再用童便洗伤处，洗净敷药，外用太乙膏护之”，该书还载有服用麻醉药以开取子弹的办法，所用有川乌、草乌、闹洋花等，至于用内服药以治子弹在内不出之方，不过是将金创常用药，以治疗枪炮伤而已。
总之，我国古代战争，在冷兵器时代，战场上多以拳脚及刀枪而箭戟取胜，在治疗上以金创折疡为主。因此，古代军事医学很少专门著作，而附载于伤科之中，宋以后，随着火器的发展，枪炮用于战争，其杀伤力实百十倍于刀箭时代，但在1840年以前，枪炮的应用不多，因此，在古代军事医学上，其疗法仍与冷兵器伤的内容相似。虽然在手术、麻醉、用药及治疗技术上，比前代有所进步，但仍远远落后于当时军事医学的需要。