明代兵制与前代不同，一是参酌历代兵制的利弊加以变通，建立了卫所制。根据地理位置、险要程度与设防需要，置卫或所。卫所均有固定防区，筑城置堡，大抵一府者设所，联几府者设卫。各省区设都指挥使以统辖卫所。又于险隘处设巡检司，全国军士均编置于卫所中。二是组建独立的火器部队、火力与机动结合的战车部队及由步、骑、炮、车合成编组的新京营，使火器的杀伤作用在战场上得到充分发挥。所以明代陆军，除步、骑两个传统兵种外，出现了战车和炮兵两个新兴兵种，水军也较前代进步，在军队中占有重要地位。
(一)京军及内地卫所的军医
《大明汇典・太医院》载，京军中的医官、医士由太医院派遣。
据洪武四年(1371)统计，三大营(五军、神机和神枢营)，平均17300人中有医官或医士1人。
景泰间(1450～1456)于谦设十团营，平均万人有医生1名。
内地卫所也有军医编制、金幼孜《北征录》说，有毒药将，由善修合药饵的人充任；医人将，由善医治病的人充任；医马将，招善医马病的人充当。说明军队已有司药、军医和兽医编制。
戚继光《纪效新书》说，戚家军中有医士2名，医兽1名。《练兵实纪》载，在骑兵、步兵及车兵中均有医士1名。
可见，明代军医编制人数不多，可能是太医院只规定了医官和医士员额，不包括医生在内。因当时医生地位尚不及士兵，所以没有记载。
(二)边境卫所中的军医
明代由于常与蒙古、后金(清)等民族发生战争，沿边关一带设置了卫所14处，每处由太医院派医士1或2人担任医疗。约1120～5600人中有医士1名。如军中缺医，可由总兵或巡抚奏请，由太医院拔用。
(三)海军军医
明代沿海边防也采用卫所制度。每卫官兵5600人，设指挥1人统领，卫下设千户所5个，每千户所下设百户所10个，每百户所有官兵112人，设百户1员，卫所设有医士1名，战船上是否有医生，未见记载。
郑和、张谦等带兵出使西洋时，随船带有医官、医士，平均150人中有医士1名，即每船有医士3名，民医数字未则己载，若计入医生人数应超过180人。
(四)军队医疗工作制度
1、报病制度
《练兵实纪》卷2载：“凡军士有疾病，同伙房即报本管队总，队总报旗总。同到歇处验过，即报百总。径赴本营将官及主将处报知，遣医看病形轻重”。“见报病者，不论大小衙门，启闭冗暇，即时投入。如有把门人阻拦，及将官施行迟误者，罪坐所由。报病迟过一日者，罪在报迟之官；若因迟报致病兵身死者，究其迟误之人以军法”。这是平时疾病上报制度。
《纪效新书》载：“凡各兵遇有疾病，本日同伙即报本队长，队长亲看缓急，报赴哨官，哨官报赴本总，本总即日报本府，以凭批医疗视。遇在客戌，本府亲诣抚视”。可能说的是在住地方部队的报病制度。
2、行营及野营医疗制度
《练兵实纪》中规定：行营时“遇有乏马病兵不能前行，登时禀到主将，给予信票，听差人押送到近地城廓、府卫州县、营寨所堡巡司调理。病者亲识队伙，乃许留一人看待汤药，病痊即遣付本营。该地方先具痊疴结状申查。病痊而不赴军行所在者，以后期沦；若有死于行军所在者，本队伍掘墓瘗之，仍立标记。哨将率头目，以随带饮食奠之，违者以故弃论。事后再来取回”。
《纪效新书》对此所载较简单，“凡军行在途，遇有疾病，把总官验实，随即禀明，给文选所在官司拨医调治。痊可即便追来，敢有诈病推避者，治以军法”。
3、关于战争伤亡的申报制度
《练兵实纪》规定，战伤与战死分别申报。报战伤。“凡遇战毕，收兵到营时，一面各营将督，据千、把总即开战伤者为一手本造递。凡弓箭伤系致命处为一等，虽重不开超等；被中三箭以上，虽轻亦开一等；中二箭者，虽轻不开三等；凡在手足间为二等；箭入不深，再轻者为三等；再轻者四等止。其刀伤当面者为超等；伤手足者为一等，轻者为二等，三等止。凡箭刀伤俱在背后者，不准亦不给医药。”报战死。“凡亡者另开手本。某人伤某处须面前伤，乃坐同对伍偿命之罪：伤在背后，死者不恤，亦不连坐；同队伍若大众败走而亡者不恤，当开坐，退缩被杀，但有一伤在前者，即准血战阵亡之数”。
4、关于战伤抢救的规定
戚继光规定，不准在战场上停下战斗去抢救伤员。告诫伤员勿呻吟，并令战士向前杀去，“杀了贼便可收拾调理”。实则，待杀贼归来，重伤员特别是重要脏器损伤及大血管破裂者，多已失去抢救时机，即使能得到抢救者，也不易治愈。故多数得到抢救者俱为轻伤员，这是当时条件不得不如此规定。
5、对忽视士卒健康官员的处罚规定
据《大明汇典》载，洪武二十七年(1394)规定，凡守卫士兵当值时，若有暴疾，本管官旗即归营所，请医调治。若看视迟慢，放回犹豫，致令病甚，亲管小旗杖一百，总旗镇九十，百户住俸一月，其病食钱带去。
兄军士在镇守处、丁夫杂匠在工役之所有疾者，当该官司不为请给医药救疗者，笞四十；因而致死者，仗八十。若已行移所司，而不差拨良医，及不给对症药饵医治者，罪同。
(五)军队医生的训练
由于军医缺乏。不少将领要求在卫所设立医学，培养军医，解决军队医疗问题。
景泰五年(1454)，因山西右参政叶盛奉请，命太医院选派熟谙方脉医士1名，往口外独石等八城、教军士习医术，每年更代一次。
成化十六年(1480)，陕西、甘肃等十余卫所，因医药缺乏，疾疫无法治疗，奉请当地市政司各立医学1所，选精通医术者，教授军余子弟。经获准，才有专门训练军医的学校。
(六)军中药物供应
明代军中药物由国家免费供给，军中设有管理药料的官员。南京各营应用的药物，除拨医士随病供应外，嘉靖十年(1531)于各营设置药局，南京礼部督同太医院，选精通艺业医士1人，在药局工作。三年无过，授予冠带医士，九年后送吏部诠叙，署任吏目，仍在惠军药局。各局药材，均由南京礼部行，太医院解发。
各府州县所设惠民药局，除治疗贫民外，还治疗军士，免费供药。遇疾疫流行，朝廷派员往军中施药。但并非经常制度
(七)火药灼伤的治疗
宋元以后，火药使用渐广，有人将火药与毒药混合制成武器，发挥二者结合的杀伤力。对这种火伤的疗法，明初军医著作中也有反映，十四世纪的《金疮秘传禁方》载火药神效方二首。一用蛤蛎壳炙黄研粉、香油调敷；一用白芨、自蔹、广丹、寒水石、黄柏为末搽敷，是治疗火药灼伤的最早方剂。《行军方便方》演化为用冰片、四香等烧研蚌壳为粉，以治火药伤。