一、《本草崇原》
《本草崇原》，三卷，约始撰于康熙十三年(1674)，著者张志聪殁而书未成，后由弟子高世 续成。继而王琦访得副本，校刊后刻入《医林指月》丛书，时已在乾隆三十二年(1767)，以后续有翻刻。
此书摘录《本草纲目》中本经药233味，(另有附品56种)，作“崇原”之论，自序云“诠释《本经》阐明药性，端本五运六气之理，解释详备，”有探讨药性理论之意，药分上中下三品，从药物性味、生成、阴阳五行属性、形色等入手，结合主治疾病之机理，阐明功效，崇本求原思想，对徐大椿、陈修园等影响颇大。
二、《证治汇补》
《证治汇补》八卷，康熙二十六年(1687)刊，李用粹(字修之，号惺庵，十七世纪浙江鄞县人)撰。
此书分为提纲、内因、外体、上窍、陶隔、腹胁、腰膝以及下窍八类，已与过去诸书不同，以内科杂病为主，论述复见集中。介绍八十余种较常见疾病病证，每症列为一章，每章又分数节，先引《内经》，后选诸家并注明出于何书，分析原因、外候、辨证、脉象、治法、用药、附证、方剂等，均为详而不繁，备而不见。深为临床医家使用所称便。
三、《本草备要》
《本草备要》，8卷，汪昂撰，康熙三十三年(1694年)刊，本书可视为临床药物手册，亦为医学门径书。主要取材于《本草纲目》和《神农本草经疏》。卷首为药性总义，统论药物性味，归经及炮制大要：卷一草部药191种，卷二木部药83种，卷三果部药31种，卷四谷菜部药40种，卷五金石水木部药58种，卷六禽兽部药25种，卷七鳞介鱼虫部药41种，卷八人部药9种，共计478种。每药先辨其气、味、形、色，次述所八经络、功用、主治，并根据药物所属之“十剂”，分记于该药之首。后世刊本又增附药图400余幅，更臻完善。此书刊本亦多，流传甚广。
四、《张氏医通》
《张氏医通》为综合性医书，十六卷，清・张璐撰于康熙三十四年(1695)，此书前十二卷论病，包括内、外、妇、儿及五官等科，分门分证，征引古代文献及历代医家医论，每病先列《内经》、《金匮要略》之论述，次引后世如孙思邈、李东垣、朱丹溪、赵献可、薛己、张介宾、缪仲淳、喻嘉言等诸家之说，同时结合个人临证经验发表议论，但大抵不外折衷成综合诸家观点，无多创见。不过，整体医学思想，比较与薛己、张介宾相近，并阐发“阳非有余，真阴不足”论甚力。自中风至婴儿共分十六门，每门又分子目，体例实取法于王肯堂《证治准绳》，而选辑更为精审。后四卷论方，共分94门,祖方一卷，专论方祖源委，分析其配伍、功能与治疗之证。另三卷为专方，以病证分门集方，并有方解。
此外，以《张氏医通》命名而实为《张氏医书七种》者，辑刊于1699年，包括《张氏医通”、《本经逢原》、《诊宗三味》、《伤寒绪论》、《伤寒缵论》、《伤寒舌鉴》、《伤寒兼证析义》，是刊丛书。
五、《古今图书集成・医部全录》
《古今图书集成》是中国最大的一部类书，康熙帝1683年完全统一中国以后，一面大兴文字狱，厉行思想统治政策，一面又大开科举之门，笼络知识分子编书校书。于康熙中期，诚亲王胤祉命进士陈梦雷编《古今图书汇编》历十余年而成，康熙帝命改名《古今图书集成》，其部六千有余，其卷一万，集经史诸子百家之大成，集经史诸子百家之大成。
《医部全录》原隶此书“博物汇编、艺术典”下之“医部汇考”，共520卷，分类辑录自《内经》至清初120余种医学文献，有古典医籍的注释，各种疾病的辨证论治，医学艺术，记事及医家传略等，记述系统，分门别类明确，各科证治有论有方，引证材科均一一详注出处，标明书目、篇目和作者，便于查对原书，是一部比较全面的医学文献参考书。
此书清末有影印本、铅印本，1934年中华书局出版缩印本。1962年，人民卫生出版社将《医部全录》排印分成十二册出版，订为医经注释，脉诊，外诊法，脏腑身形，诸疾，外科，妇科，儿科，总论及列传。艺文、纪事、杂论、外编等(共八个部分)，但将其中“太素脉诀”，“产图”等予以删去，对研究者为一缺憾。
六、《外科证治全生集》
《外科证治全生集》，又名《外科全生集》，1卷，刊于乾隆五年(1740)。五维德整理祖传秘术及生平经验而成《外科全生集》。此书后经清末马培之重新分卷并作评注，以前集三卷、后集三卷流行。
王氏书先总述痈疽病因、证候、诊法并列症29种。按人体上、中、下三部分论外科病证治疗，并兼以内、妇、儿各科病症治疗经验，计外科效方75首，杂病验方48首。另介绍200余种外科常用药之性能及其他炮制，复附有作者治验之案，甚便于临床施用。
七、《目经大成》
《目经大成》为清代眼科名著之一，黄庭镜(1704～?)著，于乾隆六年〔1741〕草成此书，此后四易其稿，但未付梓。弟子邓学礼(赞夫)得悉此书后于嘉庆十年刊行，更名为《目科正宗》，刊行九年后被黄庭镜之孙得见，遂以家藏旧本相校后刊印，悉还原貌。嘉庆二十三年(1818)问世，全书共23万余字，居历代眼科专著之魁。
书共三卷。卷一定论，卷二考症，卷三类方。卷首之论20余篇，并设“立案式”，其论症，按病因分凡12类，按病症分为89症。书末收载眼科方剂229首，阐明方义、细论化裁加减变化，更收外治方19首，俱实用尚有效者。
八、《医宗金鉴》
《医宗金鉴》九十卷，吴谦等撰于乾隆四年至七年(1739～1742)，为政府组织编修之大型医学全书。此书编纂、选材甚精，用功甚勤，理法甚严，共计有十五种：《订正仲景全书伤寒论注》、《订正金匮要略注》、《删补名医方论》、《四诊心法要诀》、《运气要诀》、《伤寒心法要诀》、《杂病心法要诀》、《妇科心法要诀》、《幼科心法要诀》、《痘疹心法要诀》、《种痘心法要旨》、《外科心法要诀》、《眼科心法要诀》，《刺灸心法要诀》、《正骨心法要旨》。由于吴氏崇尚仲景学说，故伤寒、金匮内容所占比例颇大，并列于卷前。
此书所包括之分立各科，已略与今之分科相同，而并不收入祝由科之类，或亦著作者于巫术迷信有所抵拒，但如种痘心法，备加赞扬赏析，并详作介绍。亦见接纳先进医术之例、正骨心法从《内经》理论而至具体摸按、端提、按摩、推拿手法，及人体骨骼解剖、竹帘夹板等器械图解，一一详明，有论有法，注重实际，收取各方经验，确为历代骨伤科专著中最好一种，其它各种多类此，各具特色。所以本书实为历来医学丛书、全书中最精当、完备、简要而实用之一部。刊刻之后，受到广大读者欢迎，为中医临证重要读物，并成为清代医学标准教科书。
九、《医学源流论》
《医学源流论》二卷，徐大椿撰于乾隆二十二年(1757)。此书堪称为“徐大椿医学论文集”，共收其评论文章九十九篇。上卷为经络脏腑、脉、病、方药，下卷则治法、书论(并各科)、古今。纵横捭阖，触及之处，每有新见，发前人之未发，言常人所不敢言，尤针砭时弊甚多，论述道理深湛，中医史上正缺如此大手笔之评论家也，大椿实古今第一人。
本书颇多先进之论，例如作“治人必考其验否论”，指斥“今之医者，事事反此，惟记方数首，择时尚之药数种，不论何病何症，总以此塞责，他认为，“若医者能以此法(效验)自考，必成良医；病家以此法考医者，必不为庸医之所误。”是颇具‘实践检验”为标准之义。种人痘法本非传统，当时推行尚多阻力，徐氏却具真知灼见，指出有“九善”(九大好处)，作不遗余力之提倡。
十、《本草纲目拾遗》
《本草纲目拾遗》十卷，赵学敏初撰于乾隆三十年(1765)，又续加补订而毕于嘉庆八年(1803)，至赵学敏死后，于同治三年(1864)方得初刊。以后则有多次重刊。
本书专为收录《本草纲目》一书所未载之药物而作，故名“拾遗”，共载921种药物(包括附品药205种)。其中新增716种为《本草纲目》所未载、161种为对《本草纲目》已收药物作补订。书前“正误”项下，另纠正《本草纲目》错误34条。当时传入的西医药资料，亦间见纳入，如日精油、金鸡纳、刀创水(碘酒)、鼻冲水(氨水)等。
书中附有大量医方，多得自采访所记用药经验，简便有效，亦是赵学敏重视“串雅”走方郎中本色。
本书无疑是清代新内容最多的本草著作之一，是对《本草纲目》的重要补充和发展，也是本草学的又一次系统总结。
十一、《续名医类案》
《续名医类案》36卷(原60卷)，魏之 ，成书于乾隆三十五年(1770)，魏氏本身是位学验俱富的临床医家。因鉴于明代《名医类案》所选资料尚多缺漏,而明后新见医案亦颇繁，乃“杂取近代医书及史传地志、文集说部之类，分门排纂。”全书分345门，内、外、妇、儿、五官等各科病症兼备，分类条理清楚，选案广泛，尤以急性传染病治案所占篇幅甚大，其中痘症(天花)即占两卷之多，亦可见当时传染之烈及编撰者用心。他个人治案大多述证明晰，辨证精审，论治熨贴，记录详尽；而于抄录诸家案例，则加夹注和案后按语，着重于发明、辨析有关案例证治异同，议论较为平正可取。
此书现有《四库全书》本及同治、光绪年间刻本多种，1957年人民卫生出版社曾据信述堂重刊本(1885)影印出版。
十二《杂病源流犀烛》
《杂病源流犀烛》30卷，刊于乾隆三十八年(1773年)。沈金鳌撰，为《沈氏尊生书》主要组成部分。该书七十二卷，另包括《脉象统类》、《诸脉主病诗》、《伤寒论纲目》、《妇科玉尺》、《幼科释迷》、《要药分剂》等。本书在阐释杂病方面是为专著，按赃腑经络、风寒署湿燥、内伤外感、面部身形各门统括诸种杂病，每门又分若干病证。述其原委，悉其形证，考其主治，因病用方，理法方药比较契合。全书七种于1773～1774年合刻于无锡沈氏师俭堂，以后有多种合刻或单刻印本。
十三、《疯门全书》
清・肖晓亭撰。为祖国医学有关麻风病的三大专著之一。肖氏之书原为《疠病疾辑要》、《疠疾备要》各一卷，成书于嘉庆元年(1796)，贫而未梓，后经袁春台等编校，命书名为《麻疯全书》于道光十六年(1836)付印，此版本迄今未见。道光二十三年(1843)以后多次刊刻流行版本均名为《疯门全书》。1936年裘吉生之《珍本医书集成》第七册将该书收入。1990年人民卫生出版社将该书重新点校出版。
该书对麻风病的传染性传播途径及预防之法认识颇为正确，对症状体证之描述逼真而通俗，治疗原则他强调：“总以凉血和血为主，驱风驱湿为佐，审元气之虚实，按六经以分治，斯治疗之要道”。他不同意本病必定复发或不能根除之说，认为其原因多因中断治疗或治疗不彻底所致。肖氏对本病提出内治九法(统治、分治、缓治、峻治、补治、泻治、兼治、类治、余治)；外治六法(针、灸、烧、熏洗、烂、敷)等，列有处方近170首，内容丰富，且善用大枫子肉。肖氏有经验和学术观点，使祖国医学关于本病辨证论治的理论更为充实，其治疗经验解放后也曾为麻风防治工作者吸取。
十四、《温病条辨》
本书为温病学的重要代表著作之一，共六卷，系清・吴瑭撰，嘉庆三年(1798)完成，前后化了六年时间。刊行之后，为医家所重，乃致翻刊重印达五十余次之多，并有王孟英、叶霖等诸家评注本，或编为歌诀之普及本。今之温病学教材，取该书之说亦最多。
《温病条辨》为吴瑭多年温病学术研究和临床总结的力作。全书以三焦辨证为主干，前后贯穿，释解温病全过程辨治，同时参以仲景六经辨证、刘河间温热病机、叶天士卫气营血辨证及吴又可《温疫论》等诸说，析理至微，病机甚明，而治之有方。例如书中归纳温病清络、清营、育阴等治法，实是叶天士散存于医案中之清热养阴诸法的总结提高。而分银翘散作辛凉平剂、桑菊钦作辛凉轻剂、白虎汤为辛凉重剂，使气分病变遣方用药层次清晰、条理井然。叶天士之验方，在吴瑭手中一经化裁，便成桑菊饮、清宫汤、连梅汤等诸名方。足知吴瑭此书，不是仅仅为纂集而撰，实是经心用意，为学术理论升华之作。
十五、《伤科补要》
《伤科补要》4卷，刊于嘉庆十三年(1808)，作者钱秀昌，以伤科闻名，并辑其精义，综合平素治疗经验，撰成此书。卷一述人体要穴、正骨器械、骨度及脉诀；卷二述治伤三十六则，是治金疮之理论及身体各部伤科疾病方法；卷三治伤汤头歌括；卷四选录各家伤科要方及急救良方。全书简明实用，其中并载有杨木接骨法治愈骨折骨不连续之经验，尤为难得。
十六、《傅青主女科》
《傅青主女科》又名《女科》，2卷，傅山撰，约成书于十七世纪，而至道光七年(1827)方有初刊本：后收入《傅青主男女科》中，合刊本多《傅氏女科全集》，后附《产后篇》2卷。故或又为《女科・产后编》、陆懋修《世补斋医书》收入之校订本、将女科析为8卷、八门。改称《重订傅徵君女科》、《产后编》改名《生化编》。今本《傅青主女科》(《女科》)上卷载带下、血崩、鬼胎、调经、种子等五门，每门下又分若干病候，计38条、39症、41方。下卷则包括妊娠、小产、难产、正产、产后诸症，亦五门，共39条、41症、42方。《产后编》上卷包括产后总论、产前产后方症宜忌及产后诸症治法三部，分列为17症；下卷继之而分列26症，并附补篇一章。全书文字朴实，论述简明扼要，理法方药谨严而实用，重视肝、脾、肾三脏病机，善用气血培补、脾胃调理之法，故颇受妇产医家推崇。
十七、《医林改错》
《医林改错》二卷，王清任撰刊于道光十年(1830)，是他访验脏腑四十二年呕心沥血之作，也是我国中医解剖学上具有重大革新意义的著作。
本书约有三分之一篇幅为解剖学内容，以其亲眼所见，辨认胸腹内脏器官，与古代解剖作比较，画出他自认为是正确的十三幅解剖图以改错。从一般的解剖形态结构及毗邻关系的大体描述论，王清任所改是十分准确的。他发现了颈总动脉、主动脉、腹腔静脉及全身血管之动静脉区分；描述了大网膜、小网膜、胰腺、胰管、胆总管、肝管、会厌及肝、胆、胃、肠、肾、膀胱等的形态和毗邻关系。这些是很有革新和进步意义的。但是，他对不少器官的命名和功能解释从现代医学观点看是错误的。例如将主要的动脉称为“气总管”、“气门”，并认为动脉内无血而有气，将主要静脉称为“荣总管”，认为血液及营养等靠它供应全身等等。
正是生理功能与解剖的新解释使王清任在活血化瘀理论及临床方面作出新的贡献。本书约有一半以上内容即为此而作。所创通窍活血汤、血府逐瘀汤、膈下逐瘀汤、补阳还五汤、少腹逐瘀汤等，分治五十余种瘀症及半身不遂、瘫痿、痹症及难产等，实发前人之未发，且多可在临床收到殊效。中医学活血化瘀理论的建立，本书实有肇化之功。此外，书中一再体现出不遵经、不崇古的革新创造精神。例如：他否定天花病因的“胎毒论”、否定“胎在子宫、分经轮养”之论，认为“抽风不是风”，是因气虚而血瘀。他接受“灵机记性不在心在脑”之新“脑髓说”，并作了自己的发挥。《医林改错》体现了中医学家革新的勇气，其错失之处，也是由于时代局限，不能亲自动手解剖以致未有精细观察和进行实验所致。
十八、《重楼玉钥》
《重楼玉钥》为喉科专著，郑梅涧于乾隆年间撰。郑梅涧根据家藏本及个人经验心得、撰成《重楼玉钥》，之后经人辗转传抄，传至天津，于道光十八年(1838)方由冯相等予以刻行。其子承翰(一作瀚，字苦溪，号枢扶)，子钟寿(祝三)等继家学，世称“南园喉科”。郑承翰于1804年另撰《喉白阐微》1卷，一并刊行；又有方成培《重楼玉钥续编》2卷，亦附刊于内。此书为喉科名著，故翻印次数较多。
本书卷上共17则，首列“咽喉说”等八篇为咽喉病总论，言病因、证治及不治之症等；又列36种喉风名目，将咽喉、口齿、唇舌各症均以“风”名，包括牙疳、喉间发白(白喉)等症，其治以紫地汤化裁。卷下“风针诀”，包括行针手法、补泻，禁忌及咽喉科常用的十四经经穴。此书对白喉诊治及宜忌尤详，主治之方为养阴清肺汤。实为今日抗白喉合剂的祖方。
十九、《厘正按摩要术》
《厘正按摩要术》4卷，刊于光绪十四年(1888)，著者张振，张质(幼樵)校订。
此书卷一辨证，除四诊八纲之外，尤侧重小儿望诊，并载胸腹按诊法，为同类文献所罕有；卷二论立法，包括按、摩、掐、揉、推、运、搓、摇等八种手法，及针灸、淬、砭、浴、熨、汗、吐、下等近三十种治法，卷三论按摩取穴原则，强调八纲辨证与循经取穴之重要；卷四收录小儿常见病24种，如惊风、疳症等，述其治疗经验及推拿和多种内服外治方药。尤其本书详于辨证、立法、考穴，且以手法见长，并于每一手法均经图说明，甚具特点，为临床家所欢迎而易施行。