宋代的军队由禁军、厢军(各州的镇兵)、乡兵和蕃兵组成。禁军是宋军的重要组成部份，由朝廷直接统领。
一、部队医生的派遣
宋代部队中的医生都由太医同派遣，当时担任京师部队医疗工作的有太医局的医学生和医官。
神宗(1068～1085)时规定太医局的上舍生和内舍生应轮流治疗三学(大学、律学及武学)学生和各营将士的疾病。绍兴元年(1131年)，因东京差到太医局学生九人，判太医局樊彦端奏请，按照祖宗旧法，专一医治殿前马步军、三司诸军班直，遇有缓急病患，依照太医局历来立定条法差拨，逐处医治。由此可以看出当时军医教育与一般医学教育相通的史迹。后来全国各地驻泊医官，多由太医局选派。宋太医局分科与教学课程，有疮肿兼伤折、金疮书禁等，均与军医特别军阵外科医生的培养密切相关。
太医局医官也担任京师部队的军医工作，如1093年四月，因在京军民疾患，令太医局选派医生，按照班值军医坊巷，分认地段诊治，由开封府郡官提举合药待疾患稀少时停止此类史例尚有很多。
宋代驻屯内地与边防的驻泊(常驻）医官，也由太医局指派。大观三年（1109）尚书省会同太医令裴宗无上书，请派在京七百余名医官到各地担任驻泊医生，并提出派遣的具体措施。将医学分为大方脉、疮肿等科，并将州郡也分等(计分三京7人，帅府6人，上州4人，中下州各3人，次远州及远州各2人)，依照科别及考试成绩分配，以解决地方驻军医生的不足。
宋代内地与边防的驻泊军医，经过这次补充调整有一定的改进，但北宋全盛时代有23路326州七百余名翰林医官，加上原有驻泊医官，仍不过八百多名，每州还分配不到三名，何况还要为州府的吏民医疗。
二、“医药院”（地方军医院）的设立
地方军医的组织始于宋代，仁宗景 三年(1036)已载有在广南地区为兵民设置医药的事。比较具体而确属地方设立的军医院，为河北磁州知州赵将之设立的“医药院”。靖康元年(1126)金人大举进攻南宋，北方州郡先后多被残破，军民遭受严重的伤害。在磁州(河北磁县)由赵将之首先创立“医药院”收容溃散的伤病员。赵将之向朝廷提出各州郡应设立地方军医院，原是一个很好的建议，可惜当时北宋已频于覆亡的前夕，虽然政府同意这一建议，但不久汴京沦陷，徽宗、钦宗被虏。除在磁州设立外，并未见其它路府州郡实行。但赵将之所设医药院，可以说是由地方设立军医院之始。
三、预防中毒、饮水选择及军粮保管
战争中为了消灭敌人的有生力量，是不择任何手段的。投毒及中毒的事时有发生，所以防毒与解毒也是古代军医的一项重要任务。除饮水外，也有在食物中置毒的。因此，历代兵书多记载：凡为行军指挥官，在驻扎敌人下游之地，或占领敌人城池之前，首先应发出的号令就是防毒。
《武经总要》提出：“凡敌人遗饮馔者，受之不得辄食；民间沽卖酒肉脯醢麸豆之类，亦须审试，方可食之”。《虎铃经》对水土美恶，水泉的来源，和四周环境都极注意：“领军之地，水流而清澈者，食之上也；水流而黄未有沙者，食之次也；五之黑者，食之下也(原注：水黄黑以胶投之，可以得清）。设或水停而不流者，勿食，食者病。水上有狗彘之尸者，勿食。如无水可良，当于其侧(凿井)以汲”。
对于军粮的保管，正史上很少记载。但在北宋时，因政府准备征伐契丹，将许多军队移驻北方边境，为了保证军食的充裕，每年命令藏有粮秣的军队负责人认真领导曝晒军粮，政府派大员监视。每年曝晒及除旧换新的保管政策，对军粮营养价值的保存及防止霉烂的确是一项重要措施。
四、部队疫病的防治及药物的供给
《虎铃经》在卷十中专门列有“疫气统论”，指出驻扎卑湿之地，水土不服及饮食不宜三者，是军队发生疫病的主要原因。
为了防治部队疫病的发生，宋代在夏秋或疾病流行季节，常由太医局定方，配置夏药、瘴药及腊药，或令惠民和剂局支付，发给各军常备药物，并在疫情严重时，由太医局派遣医官治疗，如庆历六年(1046)六月，因湖南徭族起事，兵卒久留该地，夏秋之交常苦瘴雾之疾，令医官院命方和药，遣使以给。又如绍兴三十二年(1162)二月二十八日诏：建康(南京)、镇江府、太平江，池州屯戊军兵，多有疾病之人。令逐路转运司支破系省钱物，委逐州守臣修合要用药饵，差拨职医，分头拯救，务在实惠，不得灭裂。荆、襄、四川准此。”这次军队传染病流行地区，包括江苏、安徽、湖北、四川等省，竟占南宋国土一半以上，疫情极为严重。
至于诸路将帅、统制、统领等，则常由皇帝派使臣宣谕赐药，如绍兴九年(1139)赐陕西六路帅臣银盒药，绍兴二十七年(1157)诏知全州王彦，与赐夏、腊药等等。
宋代对部队传染病及地方病的防治，除进行医疗外，在军事行政上还采取了一系列措施。首先，将军队成员的驻地作适当的调整，将不习惯炎瘴的北方部队，从南方调到北方；而将不能耐寒的南方部队，从北方调到南方；其次，将部队从传染病或地方病高发区移至低发区，或其他地区休息；其三，屯驻部队两年一代；其四，规定每年八月至二月出戊等办法，以减少屯戌部队疫病的流行。
五、伤病员的医疗与运送
《武经总要》已提出根据伤病员病势轻重，结合当时战争环境，决定随军留治或送地方医疗，并规定每日本队将校亲巡医药，专知官以所疾申(报)，大将间往临视(即随军医治)”。“如弃置病人，并养饲失所主者，皆量事决罚。气未绝而埋瘗者，斩”。此外，只要条件允许，对死亡战士的掩埋，死者家属的安抚，都应尽力作好，否则，“求士死力，不可得也。”
当时对诈病者也有惩罚条例。《武经总要》规定：“敢有诈病推避者，给以军法”其后《虎铃经》卷二在“军令第九”中，更严厉指出：“托伤诡病，以避艰难，扶伤舁死，因而之，此谓诈军，如此者，斩之。”
《虎铃经》还有专章讨论金疮、疫气及皲瘃的治疗，以及营地与水源的选择等医疗卫生问题。在“金疮统论”中总结了金疮八忌(嗔怒、喜笑、大言、劳力、妄想、热羹粥、饮酒、咸酸)，九不治(伤脑户、囟门、臂中跳脉、髀中阴投、心、乳、鸠尾、小肠、五脏)，和四绝症(脑髓出、脑破而咽喉中沸声哑及目直视、疼不在疮处、出血不止前赤后黑或肌肉腐臭寒冷)等经验；这说明两宋在处理金疮时，对其证候、治疗及预后有了一定的认识。该卷中还列举了不少治金疮的方药。如金疮方、金疮中风痉口不语方、中毒箭方、箭镞出后服食方、及万枪破腹肠胃突出方等。以上关于金疮的统论色及方药，代表了宋代军医和军阵外科的诊断与治疗水平。