一、内科杂病
清代前中期内科杂病学术的发展，延续了明代的特点并有所深化。在学术流派及其学术争鸣上，主要是徐大椿、陈修园等医家对明以来温补派学术主张所进行的论争，这种论争进一步促进了内科杂病学术的繁荣。在辨证治理论的运用上，这一时期对瘀证等一些内科杂病的理论认识与经验总结大为深化，取得了显著进步。同时，有关内科杂病的综合性医著与专著、专篇也不断丰富，尤其有关内科杂病的专著增多，所论及的内科杂病的具体病证亦更为广泛。
(一)温补派的余绪与学术争鸣
清代前中期，一些医家在学术上仍受温补派的影响，推祟其说并续有发挥。如清初医家高鼓峰遥承薛己、张介宾的学说，注重五脏诸证的辨证的治疗，其中尤其着重于养肾，形成了自己的学术特点。吕留良在医学方面，其学术思想也属于温补学派，对薛己、赵献可之学，特别是对赵氏的命门学说有所发挥。他主张对命门之火宜养不宜伐，故偏于执八味丸统治诸病。又如沈朗仲《病机汇论》，举历代医家对内科疾病脉、因、证、治的有关论述，其中十分突出和推祟李中梓注重脾肾的学术内容。张璐医学观点接近于薛已、张介宾二家。其方药主治多本于《薛氏医案》和《景岳全书》，明显地受温补学派的影响。马元仪从学于李中梓，对张璐的学术思想亦有深刻的研究，故在他的医疗实践中，颇侧重于甘温补中、益气扶阳两方面。马元仪下传于尤在泾，故尤氏在继承李中梓学术观点方面有较突出的成就，这些医家都不同程度地继承和发展了温补学派的医学思想，丰富了祖国医学温养补虚治疗脾胃和肾命疾病的临床经验。
(二)具体病证认识与临证水平的进展
中风医家姜礼在系统研究历代医家有关论述的基础上，对中风证有相当明确的见解。主张应从中风证的内在病变来考虑这一问题，不能胶固在“风之一字”的命名上纠缠不清。认为中风的病变主要责之内虚。
熊笏认为中风的发病与人身卫气有关。卫气虚是引起外风乘虚而入，形成中风的病机所在。在治疗方面，以卫气为纲，研究和阐述中风的辨证施治，从理论和实践方面丰富了中风病的学术内容。
瘀证此期医家王清任在瘀证证治上取得了显著成就。首先，他认为百病皆伤气血，在强调气虚为病的同时，又认为气虚可致血瘀，二者常相兼为病，故在治疗上创立补气活血法，王氏补气善用黄芪，12首补气方中就有11首方用黄芪。王清任善用活血逐瘀法治疗血瘀诸证，其所列的血瘀证大致可分为两大类。一是没有明显血瘀征象的无形的血瘀证。二是有明显征象的有形血瘀证，如流紫黑色血等指证。王氏强调化瘀必须行气，在《医林改错》的15首活血化瘀方中，均以活血化瘀与理气同用，气行则血活瘀化。
王清任在补气活血与活血逐瘀的学术思想指导下，创制了许多著名的方剂，丰富了活血化瘀的治疗方法，为后世临床实践起到指导作用，产生了不小影响。
(三)对霍乱的认识
霍乱是一种由霍乱弧菌引起的烈性传染病。然而，”霍乱”作为一个中医病名，在《内经》中便有记载，指的却是以腹痛呕吐为主要临床表现的多种其他疾病。以示区别，前者也被称为真性霍乱。我国出现真性霍乱约在1817年，是由国外传入的。
正由于古代医书中所言之“霍乱”与真性霍乱是在同一病名之下，而且是症状相似的不同疾病。因此真性霍乱传入之初，中国医生对其难免产生一些认识上的混淆，然而经历了几次霍乱大流行之后，医家们。随着临床经验的逐渐积累，对真性霍乱的病因病机、证候表现、诊断、鉴别诊断以及治疗、预防等，逐渐形成了相对正确的认识。
首先，医家们清楚地认识到这是一种胃肠系统的烈性传染病，其好发于夏季，春秋有散发流行。此病一旦发生，如不及时控制，则可沿门阖户，成燎原之势。并且认识到此病的流行与交通繁杂，人烟密集及卫生环境恶劣，尤其是饮用水源的污染，有着密切的关系。
根据医家们对1820年那一次霍乱流行的记载看来，他们对霍乱的临床观察相当细致，几乎可以认为他们已认识到古代医书中所言之霍乱与当时流行的真性霍乱属于不同的疾病。例如徐子默对真性霍乱剧烈吐泻，小腿枸挛及严重预后描述得非常准确。王孟英试图对热霍乱(真性霍乱)与寒霍乱(其他肠道疾病)进行区分，欲将真性霍乱从夏秋和其他肠道传染病中独立出来。他所指出的三个要点：传染性的强弱，有无腹痛，病情及预后如何，恐怕是当时所能做到的鉴别诊断的关键所在。对于霍乱的治疗可以说当时处于尝试阶段，包括了多种治疗方法的使用，有伐毛、取嚏、刮法、刺法、洗、放血、辨证施治行中药方汤治疗等等。当然，主要仍依靠内服汤药治疗。根据医生的用药习惯，有主张以清凉药为主的，如王孟英；有主张以温热药为主的，如徐子默。
对于霍乱的预防，医家们明确指出求神符对防病徒劳无功，预防的关键在于注意隔离，保持环境洁净卫生，空气流通，尤其要注意防止饮用水源的污染与饮食卫生，这些认识都相当可贵，即使在今天，仍不失其科学性。
(四)内科杂病著述的不断丰富
清代前中期延续了明代以来的发展趋势，有关内科杂病的著述不断丰富。在内科杂病占有重要地位的有关内科的综合性著述中，重要者如：李用粹的《证治汇补》记述八十余种病证的辨证论治。其中主要为内科杂病，内容简明扼要；林佩琴的《类证治裁》其大部分篇幅都论述了内科杂病。中如对脱证、喘证、泄泻与痢疾、癃证与闭证等病证的析折，都条分缕析，精确实用。
著名医家尤怡《金匮冀》，则可谓这一时期中内科杂病专著的代表作。
这一时期专论内科杂病某些病证的医著更为丰富，如卢之颐的《 疟论疏》孔毓礼的《痢疾论》、吴道源的《痢证汇参》等；汪启贤的《中风瘫痪验方》、肖埙的《中风证)与熊笏的《中风论》等；均有较大影响。
二、妇产科
清代医学分科仍设妇人科。清代妇产科发展的主要成就是积累了丰富的临证经验，出现了多种门类优秀的妇产科著作，它们代表了当时妇产科学的发展水平。
清代综合性妇产科著作。其中的《妇科心法要决》是乾隆年间，吴谦等奉政府之命所编辑的医学教科书《医宗金鉴》的一部分(第44～49卷)。书中论及的妇产科病种较为齐全，对每种病证的病因病机、症状表现、诊断和治疗都有系统论述。
影响较大的综合性妇产科著作首推《傅青主女科》。该书对带下、血崩、妊娠、正产、小产、难产、产后等病证的论述，内容简要，论证精辟，尤以治法方药颇有创见，受医界推祟，传播极为广泛。
《竹林寺女科》是浙江萧山县竹林寺僧撰写的女科著作的总称。竹林寺，寺僧大多擅长妇科，历代相传。据有谱可查者到清末已达97世。所授著述，秘不外传。自清初以后始有传抄的各种刊本行世，仅现存者已不下30余种，其中流传较广的一种，即《竹林寺三禅师女科三钟》(乾隆三十六年，1771)。
清代专论产科临床病证的著作也很多。其中比较有影响的，如唐千顷的《大生要旨》5卷(1762)，阎纯玺著的《胎产心法》3卷(1730)，及汪《产科心法》2卷(1780)，还有以重视孕产期保健而著名的亟斋居士撰写的《达生篇》1卷(1715)和张曜孙《产孕集》2卷(刊年不祥)等。
(一)傅山在妇产科临证治疗上的成就
傅山临床注重辨证，理法严谨。特别在治法上形成了独自的风格，即重视培补气血，调脾胃，养肝肾；创制的方剂实用有效，用药简易平和。这一特点在傅氏论述经带胎产杂病的治疗中都有显著反映。
1、关于血崩的治法：傅氏治疗血崩的方法大致有以下几种：
(1)补气摄血法：对暴崩失血，主张首先补气。如固崩止崩汤，方中人参、黄芪、白术补气；当归、熟地补血；黑姜补火升阳。此方可说是傅氏益气养血补火升阳的代表方剂，临床上用于血崩往往可使病情转危为安。
(2)补血止崩法：傅氏认为血崩之火为虚火，强调治疗应以滋阴为主，并铺以清火。代表方剂如清海丸，全方用药纯和，无一峻品。
(3)祛瘀止痛法：对伴有血紫有块、手按之疼痛等症的血崩，傅氏主张，治法须行血而祛瘀，活血以止疼，则血止愈矣。”
2、调经法及方药：关于调经的方法，傅氏提出的有：清热凉血法，滋阴补肾法，健牌益肾法。这些已成为现代中医妇科学调经的基本da法和常用方药。
3、治带法及方药：在现代中医临床常用的治带方法中，由傅氏提出的有：健脾益气法，清除湿热扶脾法，清肝调肝法。
4、不孕症的治疗方药：在傅氏提出的治疗妇女不孕的方法中，仍受到现代妇科临床重视的有：养血滋阴法，温肾培脾法等。
(二)临产将护
《达生篇》将唐宋以来，关于对产妇临产时护理的经验，高度概括为六字口诀，即“睡，忍痛，慢临盆”。这对指导产妇铵产程分娩具十分重要的意义。
三、儿科
清代儿科稳步发展，不论儿科理论水平和儿科病症的诊治，都有不少进步和提高，涌现出夏鼎、陈复正、沈金鳌等一批儿科学家，以及《幼科铁镜》6卷(1695)、《幼幼集成》6卷(1750)、《幼科释迷》6卷(1774)等重要儿科专著，此外，在《温病条辨》、《医宗金鉴》等医书中也有儿科专集专论。儿科理论日臻完善，小儿推拿术和外治法得到推广应用。
清代对小儿纯阳之体有两种不同的阐发。第一种学说以徐灵胎为代表，认为小儿体禀纯阳，所患热病最多，在治疗上不宜使用温阳药物，对后世的影响较大。第二种学说以吴鞠通为代表，认为小儿纯阳不是指盛阳而是钱乙提出的稚阳，治疗时应注意顾护。
小儿诊法方面，清代医家对小儿指纹法提出了不同的看法。针对后来医生进一步扩大其玄虚的不良现象，夏鼎否定小儿指纹诊法。陈复正则认为，不可否定其作用，指出小儿切脉比较困难，不若以指纹之可见者，与面色病候相印证，有诊断意义。
清代儿科治疗学以推拿术、外治法的应用较为突出。夏鼎编写了“推拿代药赋”，以用药作比拟，并绘有面、身、足、手掌等形体图，附以文字说明，方便学者掌握。熊应雄辑刊的《小儿推拿广意》3卷(1676)，为对前人有关推拿的论述和经验进行了一次比较全面的总结，介绍了各种推拿手法，以及16门小儿常见疾病的推拿疗法，还有药物与手法相结合的论述。附有图解，有较大的实用价值。
小儿外治法较有研究者当推陈复正，他遂收集和创用了不少适用于小儿的外治法，如掩脐、涂囟、搐鼻等。这些外治法被用来治疗各种小儿疾病，这是陈复正长期临床实践经验的结晶，同时也反映了清代小儿外治法发展水平。
这一时期，麻疹仍为当时经常流行，严重危害小儿健康的疾病。谢玉琼编撰成《麻科活人全书》4卷(1748)，详述麻疹的病因、证候、病理、病情、治法和用药，指出麻疹“多带时行”，强调它的传染性。其中所选用的宣毒发表汤、葛根解肌汤及其加减，均为麻疹初期散发透疹的效方，也是后世多数儿科医生所常用的基本方。
对疳证，吴鞠通认为疳证生于土虚，而土虚则生于饮食，所以治疗应以健脾和胃为早。具体提出了治疳九法，既考虑到机体本身的因素，又考虑到内外环境、心理社会对小儿健康的影响，给后人以启迪。
清代儿科学已发展到相当高的水平，为近现代中医儿科学的进一步发展奠定了良好的基础。
四、外科
(一)外科著作
清代二百余年出现了大量外科类著作，尤其一些外科之专病著作更为丰富。其中出现了多种大型综述性外科巨著，在提高和普及外科医疗技术方面发挥了重要作用。其中有代表性的影响深远者如：《外科大成》4卷，祁坤撰于1665年，三百年间刊行近20次；《御纂医宗金鉴》之《外科心法要旨》(1742)即以此书为蓝本，后者更有不同刊本约30种；《洞天奥旨》(1694)16卷。又名《外科秘录》，陈士铎述，反映了陈氏医疗化脓性感染的丰富经验和理论知识，该书之现存版本有17种之多；《外科证治全生集》，1卷，王维德撰于1740年。由于在治疗外科疾病上极力主张“消贵托畏”，反对手术，在病人心目中颇有影响，二百年间之刊印竟达50余次，可能是外科书刊印率之最高者；《疡医大全》40卷，顾世澄撰于1760年，是清朝以前外科学内容最为丰富的一部巨著，150余万字，对外科学术发展有着广泛而深入的影响。《疡科会粹》，10卷，孙震元撰于1802年，是继《疡医大全》之后的又一部巨著，全书110余万字，可惜只存抄本而流传未广；《疡科心得集》是高秉钧30余年外科临床经验和心得的总结，在论述外科化脓性感染病因方面重视天行时气为其特点；《外科真诠》2卷，邹岳撰于1838年，其内容亦多作者经验之总结，影响也比较广泛。
(二)外科学术思想与争鸣
清代外科学家围绕化脓性感染脓已成是否早期手术切开引流，以及非药石所能治愈的外科疾病是否用手术治疗等，继明代之后，争鸣更为激烈并形成了学派。这一争鸣因非手术学派占有优势，从而明显地促进了外科保守治疗经验的积累。主张脓已成应予早期切开引流和运用外科手术治疗一些非药石所能治愈的疾病的外科学家，由于外科手术的其他条件尚不成熟，使争鸣多处于劣势，甚而在外科学家中保守的学术思想日益趋于浓厚了。
祁坤，曾任太医院判等职，对外科学理论和临床经验之论述，颇多精辟的见解。例如所述脓肿切开引流原则时正确指出：“针锋随经络之横竖，不则难于收口；刀口宜下取，便于出脓。”并强调切开后“以绵纸捻蘸玄珠膏度之”的引流技术，从而使外科脓肿之切开引流的理论原则和医疗技术达到清以前的最高水平。
陈士铎，力求外科疮疡脓肿之非手术治疗，反对外科手术，对王维德等人学术思想的形成有一定的影响。
王维德，在外科化脓理论和医疗技术上，十分强调“以消为贵，以托为畏”，对化脓性感染尚未化脓者，均主张保守治疗，宁可“待其自溃”，也绝不可以手术切开引流。王氏的学术思想虽然得到不少学者的继承，但也有一些外科学家对其偏谬进行了批评。
顾世澄，临床经验丰富，学识渊博，对外科学术界之种种争论多取平和兼容态度，并各吸收其所长，在学术思想上少有偏颇之见解。医疗方法由痈疽初起之内消到脓已成之切开引流，非药石所能治愈疾病的外科手术方法与步骤等等，均有着详细而且具体的论述。顾氏在外科学术上十分重视整体现念，认为外科疾病虽然多显于外，但“必先受于内，然后发于外”；他反对“只过膏丹，不习脉理”的局限性；他还强调指出脓已成，仍“勉强消之，不独不能消散；反致……造成坏证”。顾氏学术思想与医疗理论经验对后世及外科学研究有着较大的影响。
(三)疾病认识水平继续提高
关于颈淋巴结结核：在古代以其病发特征曾命名为鼠疮，或名瘰疬，如祁坤所述：“小者如瘰，大者如疬，连续如贯珠者”。同时，祁坤还对该病与急性淋巴结炎的鉴别诊断和不同治疗原则提出了正确的意见，他说：疬由内伤所致，其形小，其发缓，无疼痛，计以月年。毒由外感所致，其形大，其发暴，多肿痛。”
关于前臂骨关节结核：祁坤按该病之特征命名为“蝼蛄串”。对骨关节结核的好发部位、典型症状及预后等均作了比较正确的描述。
关于直肠癌：祁坤在前人基础上对直肠癌症状描述和诊断要点作出了相当确切的记载，并以其最终发展成为大便不能排出而命名为“锁肛痔”，或以其形态称之为“翻花痔”等。他指出：“痔有三不医，为翻花痔、锁肛痔、脏痈痔也”。这些认识在当时确系正确的结论。
(四)外科医疗技术与手术水平
清代外科手术和医疗技术从总体上讲，由于反对的风气较为浓烈，发展是不很明显的。当然也有少数民间外科学家在前人基础上作了新的探索，一些疾病的外科手术治疗水平得到了提高。
关于急性阑尾炎、阑尾周围脓肿的手术治疗：钱思元于1822年记载一名操浙江口音的佚名外科医学家，于17世纪时为一位患者作过阑尾切除术的事迹。至于阑尾周围脓肿之切开引流，在清代外科学著作中则并不罕见。
关于脾外伤切除术：王孟英(1808～1866)根据祖父资料，记录湖州(今浙江吴兴)“汤荣光从树上坠地，腹著枯椿而破，疮口二寸余，已透膜，系红肉不见肠，复饮以药酒，使不知痛处，随用刀割伤口使宽，以铁钩钩膜内红肉出，则其大如掌，乃宿患之疟母(疟疾引起的脾肿大)也，始如法敷治疮口而愈，宿疾顿除。”
关于唇裂修补术：顾世澄说：“先将麻药涂缺唇上，后以小锋刀融唇缺处皮，以磁碟贮流出的血，调前药，即以绣花针穿丝钉住两边缺皮，然后搽上血调之药，三、五日内不可哭泣及大笑，又怕冒风打嚏，每日只吃稀粥，俟肌生肉满，去其丝，即合成一唇矣”，所述方法步骤与护理要求也较前更为符合实际。
包茎炎与包皮切开术：赵濂对因包皮过长、包裹龟头过紧引致包茎炎的手术治疗，在前人基础上，作出了创造性贡献。他指出：大人、小孩，龟头皮裹包，只留细孔，小便难沥。以骨针插孔内，逐渐撑大，若皮口稍大，用剪刀，将马口旁皮用钳子钳起，量意剪开，速止其血。或用细针，穿药线在马口旁皮上穿过，约阔数分。然后将药线打一抽结，逐渐收紧，七日皮自害，则马口可大矣”（赵濂：《医门补要》上海科技出版社铅印本1959）。
阴道闭锁之手术治疗：古代称之为“实女”者，即女性之先天性阴道部分或完全闭锁症，顾世澄称之为“室女无窍”。他首创铅梃为患者每日进行阴道扩张术治疗。顾氏强调：“实女无窍，以铅作梃，逐日推入，久久自开”。这一医疗技术对部分闭锁之阴道可以得到肯定的效果，其方法和原理至今仍有其重要的意义。
耳鼻等断落之缝合手术：除了上述外科手术外，《疡医大全》还记载了许多很有价值的外科手术治疗病例资料，如：耳再植、鼻再植的手术；断指再植手术以及鼻、阴jing的再造术。可以为研究者所借鉴。
此外，郑玉坛《外科图形脉证》(1795)，还记有肠损伤缝合、煮针、麻醉及弹丸剔除手术。郑氏所述该手术后之护理要求也很符合科学原则，如术后忌呼号妄动；初则少饮米汤，半月后方可食米粥；腹部伤口要用软布勒住等等。腹部外伤之肠纳入与腹壁缝合或用力裹缠腹部绷带以促伤口愈合在清代其他外科著作中有着比较普遍的记载。郑氏除强调外科手术麻醉之一般方法外，他还创造性提出用麻醉药煮外科手术器械，他认为经麻药煮过的刀“任其针割不甚疼痛，且御风寒”感染。
(五)皮肤病
清代前、中期，《外科大成》、《外科全生集》、《医宗金鉴・外科心法》等书先后问世。显示了祖国医学皮肤病的经验日趋丰富，许多疾病的诊治水平进一步提高。
1、缠腰火人丹(带状疱疹)，带状疱疹为常见之病毒性皮肤病，清初，对本病即可与其它疾病分开，较准确的描述其皮损和全身反应情况。如《医宗金鉴・外科心法》记述“缠腰火丹”：“此证谷名蛇串疮，有干湿不同，红黄之异，皆如累累珠形，干者色红赤，形如云片，上起风粟，作痒发热，此属肝、心二经风火。治宜龙胆泻肝汤。湿者生黄白，水短大小不等，作烂流水。较干者多痛，此属脾、二经湿热，治宜除湿胃苓汤。若腰肋生之，系肝火妄动，宜用柴胡汤治之，……。
2、鹅爪风：王洪绪《外科全生集》列述“鹅爪风”谓即油灰指甲，至以白凤仙花外治。该病相当于今日之甲癣，以白凤花捣烂包甲确属有较，至今有沿用。
3、四弯风(相当于异位性湿疹类皮病)：明《普济方》所述之四弯风，乃指肘凹、凹之迁延性皮损，至谓“痒不可忍”极似现代所谓之异位性湿疹，祖国医学认为此类疾患由风、湿、热邪相搏客于皮肤所致，并指出注意忌生冷辛辣腥味食物。
(六)外治法
这一时期有关外治法方面的内容大多散见于各种医学书籍中。由于外治法具有简、便、廉、验的特点，因而，其应用已远远超出了外科的范围。另外，出现了有关论述外治法方面的专著，如赵学敏的《串雅外编》可以说是对中医外治法方面一次较为系统的总结。在清代对外治法作出卓越贡献当推吴尚先的《理骈文》，内容十分丰富。
五、骨伤科
(一)诊断学发展：
骨折及关节脱位等之检查诊断，在清代有明显进步。
摸法诊断法：《医宗金鉴・正骨心法要旨》强调了整复前用手法检查诊断的重要性。还记载：“摸者，用手细细摸其所伤之处，或骨断、骨碎、骨整、骨软、骨硬、筋强、筋柔、筋歪、筋正、筋断、筋走、筋粗、筋翻、筋寒、筋热，以及表里虚实，并所患之新旧也。先摸其或跌扑，或为错闪，或为打掸，然后依法治之。”江考卿还提出了检查骨磨擦音以鉴别骨折。
肩关节脱位复位诊断法――上至脑后，反手于背法：《伤科汇纂》对肩关节脱位经手法整理后，再通过被动运动肩关节的前屈、后伸和内外旋转检查是否复位。这种试验关节复位效果的方法：“上至脑后”是肩关节外旋上举的活动；“下过胸前”是内收活动；“反手于背”是后伸和内旋活动。这些活动及所至的范围，都是肩关节复位后或正常的肩关节运动部可以达到的活动范围。可见，这种肩关节脱位效果试验法，是科学的方法。
肘关节脱位复垃后合掌检查法：合掌检查时关节脱位效果，是《陈氏秘传》的经验。“合掌”是指将伤侧手掌和健侧手掌的两掌心相对，五指对齐。这一动作，需要上肢等长，前臂外中立位。这都是肘关节脱位后无法达到的要求。
(二)治疗学的发展
胸椎、腰椎骨折脱位损伤：《正骨心法要旨》描写了脊椎损伤的症状表现，《伤科汇纂》指出腰椎骨折有“突出”和“隐入”二种类型，“突出”是指屈曲型骨折所致脊椎后凸移位畸形；“陷入”是伸直型骨折脱位凹陷的畸形。胡氏首次把脊椎骨折分为两大类型，以指导治疗。胸椎、腰椎骨折脱垃的复位治疗《正骨心法要旨》提出攀索叠砖法，腰背垫枕法、鹤跨法，《伤科汇纂》提出腹部枕缸法。
肩胛骨、肩锁关节脱位：《正骨心法要旨》对肩部受伤骨折或脱位，记录其严重并发症。“如肿处痛如针刺不移者，其血必化而为脓，则腕掌皆凉，或麻木。”这里所描写肿胀、麻痹乃至化脓，也类似现代所称的肌间隔综合征、缺知性挛缩，或称伏克曼(Volkmann)氏挛缩等症。对于肩胛、肩胛岗的骨折或肩锁关节脱位，《正骨心法要旨》运用“披肩外固定。
肱骨骨折：《正骨心法要旨》记载肱骨骨折有斜折、横断和粉碎等类型，并且认为：“打断者有碎骨，跌断者无碎骨”。指出直接暴力和间接暴力的受伤机理和类型。
《陈氏秘传》则指出重迭移位的肱骨骨折，“其手断缩不能归原者，此筋脉急弦劲之故也(肌肉收缩)。”至于肱骨髁上骨折，《陈氏秘传》和胡廷光已明确指出骨折和脱位之别，介绍了运用超肘关节夹板固定法外固定。
肘关节脱位：钱秀昌介绍的方法，近似现代所用的方法。除介绍手法外，还强调要听到关节有响声，并要求屈肘时手能搭着肩头，才是复位。这确是肘关节复位的重要依据。
髋关节脱位：《正骨心法要旨》指出髋关节脱位“臀努斜行”的特征，并说：“宜手法推按胯骨复位，将所翻之筋向前归之”。后《中国接骨图说》据此作图，名‘燕尾’法。钱秀昌较详细地记录了这一方法，“提膝屈髋伸足法”复位髋关节方法和原理，也就是现在所习用的问话符号(?)法(或称Bigelow氏法)的方法和原理。过去认为这一方法是比奇洛(Bigelow)氏首先发明，实际上他要比钱秀昌晚近一个世纪。
股骨骨折：《正骨心法要旨》记载了股骨颈骨折，称为“环跳”、“髋枢”都是指股骨颈的部位。在治疗上，尚无好法，所以赵廷海说：“两腿环跳骨脱出者，此最难治之症。”(《救伤秘旨》)。
足踝关节骨折：胡廷光提出这个部位损伤多为内翻外翻型。对足踝部损伤在整复时，赵廷海介绍：“用布兜掌前，系于膝下，令脚不直伸下，仍令脚掌时时屈。”(《救伤秘旨续刻》)此法类似现代所用的袜套牵引法，并主张不应过早下地负重。
六、针灸与推拿
清代前中期针灸学发展趋于缓慢和停滞，道光二年(1822)皇帝颁旨“针刺火灸，究非奉君之所宜，太医院针灸一科，着永远停止”，针灸从此在太医院消失，使针灸受到了比医学其它科目更严重的打击。但在广大群众中，针灸仍因其简便易行且有效而受到欢迎。
推拿，在清代前中期发展较快，一方面是不断有医家对推拿按摩经验技术进行总结，出现了不少专著如《厘正按摩要术》；一方面是把推拿按摩手法扩大到正骨治疗领域中，推拿按摩的适应证范围就更为扩大。
(一)针灸的推广
清代医家讲究基本之操作手法，李守先著《针灸易学》提出“首学手法，次学认症，而以寻穴为末务”之学习针灸法；江上外史撰《针灸内篇》亦首列手法，反映了清代前中期针灸医家对手法之重视。李守先所提手法亦仅是留针之久疾、左转右转，以及医者用左手大指、食指的辅助动作来达到补目的；江上外史则以针左转为补、右转为泻，及透天凉、烧山火两种复式手法。可见其时针灸界对手法已趋于执简驭繁了，这当然也有利于初学者习学和掌握，有利于针灸术在民间之推广。
(二)推拿术的发展
清代的推拿术有较大的发展，当时不仅继承了明代的推拿经验，并且对推拿按摩的手法、证治、理论、处方均有总结，而且与前代不同之处是推拿术较多应用到正骨和小儿科疾病治疗中。另外，还发展了自我按摩法。
明代推拿术在儿科应用较多，清代医家熊应维《小儿推拿广意》是比较通浴的小儿按摩专书，在儿科专书中，也广泛应用推拿术，如陈复正之《幼幼集成》记载的外治九法(疏表法、清里法、解烦法、开闭法、引痰法、暖痰法、纳气法、通脉法、定痛法)也是作者结合自己心得，继承前代经验而成的推拿法。
清代医家汪启贤在应用按摩推拿术为人治病同时，开始提倡自我按摩法。在其著《动功按摩说》中记载有180症之按摩法，除中风、癫痫等需医者施术外，其他症可由自行按摩。汪氏并提倡动静结合之治疗法，即在自行按摩之动功后，再以静功养之。此外，清代医家将静功按摩术用于养生，如张映汉著《尊生导养编》等；张氏之《尊生导养编》是按摩用于养生的代表著，其法为每日两次行功，即顺序取头、颈背、胸腹、外肾、四肢的穴位进行搓摩，达到使气血运行顺利通畅之目的，从而防病养生。
七、眼科
清代前中期中医眼科出现三个显著特点。一是金针拨障术的发展趋于高峰。二是对前代眼科病证论述的修正补充。三是将眼科理论和内科理论相结合，从整体范围来认识眼科。
(一)金针拨障术的总结提高
清初医家张璐所撰《张氏医通・七窍门》上，列有“金针开内障”专节。详细讨论圆翳内障(白内障)的成因、症状、针拨内障的适应症与具体操作方法。对病人瞳孔在不同光线下的反应，翳的颜色、形状、老嫩、以及眼球的硬度等都给予了特别的注意。并详细介绍了大小形状各别的金针、拨障时应注意的地方、并发症的处理等，并专列造金针一节，介绍金针的大小、粗细、刚柔等内容。书中提及瞳神内夹道(即虹膜与晶体间的狭窄空间)，是古代唯一明确指出这最关键的拨障要言路径者，对术中出血的原因，已明确指出是因进针后触著黄仁造成，此和现代临床观察一致，说明张氏对针拨内障这一重要并发症的认识达到了相当高的水平。
针拨内障的进针部位在《审视瑶函》即有“离黑睛与大眦两处相平分中”之说，但因大眦靠近鼻部，术中操作不便，黄庭镜将其调整为“风轮(即黑暗)与锐眦相半”。此部位至今在针拨内障术中沿用，经现代实验研究和临床观察认为具有重要的解剖学意义。
(二)对眼科病症论述的修正补充
从自已丰富的临床经验出发，对一些传统的提法进行修正，对前人认识不足的进行补充。如“黄膜上冲”(前房积脓)历代沿用已久，不尽合理，将其易名为“黄液上冲”，纠正了一个宿误。对“胬肉攀睛”病的症状、病机、分类、预后、内服方药及外治钩割手术等论述甚为精详，和现代医学的论述相当接近，至今仍有着十分重要的临床意义。
八、口腔科
清初时医学分科仍袭元明之制，后来口齿与咽喉复合为一科。由于白喉、猩红热等传染病的流行，喉科得到迅速发展，同时也带动了口齿科的发展。喉科医籍中有许多丰富的口齿科内容，在对口齿病的病因病机的认识上也有自己的特点。
对舌疳的认识：舌疳一证相当观代医学所谓舌癌。《喉科杓指》对舌疳的描述类似现代医学所谓舌癌的乳头状型，且伴有浅表溃疡、出血及继发感染，并对该病的颈部淋巴结转移也有所认识。还认识到舌癌的预后差。高秉钩将舌癌累及牙龈者称为牙岩透舌穿腮者称翻花岩。至于舌癌的治法，《医门补要》载有落菌法，外治舌癌。以药线扣住，并贴膏药，渐收线紧，至菌枯而落，并以火烙烫平菌根（清・赵廉：《医门补要》，卷下，清刻本）。这种枯菌法避免了大出血，更以火烙洛平菌根，既止血又可杀死癌细胞。
医疗器具的发明及使用：在口齿病的治疗上，此期突出的特点为外治法较多，多用针刀刺割治疗。为了适应口内操作之需，医疗器具的发明也较多，有些构思很巧妙，如《喉科心法》一书中专列有“器具图说”，绘图并描述医疗器具的形态、质地和功用。如：压舌，铍针，三棱针，剑针，毫针，长箝，自来风式吹药管，喉枪等。
《喉症全科紫珍集》中载有专用撑开口腔的铁圈。当时对口内操作的医疗器具无论在制作上或是使用方面考虑得都很周全，较前代有很大发展。
九、法医学
(一)清代的检验
1、检验官职：京城内城及香山命案，委刑部司官相验；京城他处委五城兵马司、京县知县。外地委州县正印官。若正任官公出，可委近县自任官代验。
2、失职处分：与大明律的规定相同。此外，补充规定：若检验官听凭仵作，将有伤报称无伤，或将打伤、砍伤报称跌伤磕伤者，降二级调用。如将无伤称有伤，将跌伤磕伤报称打伤、砍伤者、亦照此例议处。若将紧要伤痕不行全报者，降一级调用。
3、免检覆检：免检的规定与大明律相同。覆捡的规定与宋制不同。要求初检时，致命伤痕一经验明，即应定拟。若尸亲控告，伤痕互异者，许再行覆验，勿得违例三检，致滋拖累。
4、检验用尺：凡检验过伤尺寸，照工部所发工程制尺一例制造，不得任意长短，致有出入。
5、要害致命与保辜：(1)要害致命：与历代刑律不同，大清律明确规定了致命部位：若两人共殴人致死，则以顶心、囟门、太阳穴、耳窍、咽喉、胸膛、两乳、心坎、肚腹、脐肚、两胁、肾囊、脑后、耳根、脊背、脊膂、两后肋、腰眼并顶心之偏左、偏右、额颅、额角为致命论抵。(2)保辜：沿用明律关于保辜的规定，并采规定：“凡斗殴伤重不能动履之人，不得扛抬起点验，该管官即带领仵作，亲注验看，定限保辜，一面拨医调治。”
6、验尸文件
(1)尸格：清初沿用元代的检尸法式，以后颁布了清代的尸格与尸图。尸格加尸图与检尺法式相当。清代的尸格也分仰、合两面，但根据大清律，即将仰面与合面各个部位分别注明“致命”或“不致命”字样。
(2)尸图：清代的尸图分仰合两面，按照尸格的各部位，将名称标注于图上，并在图中相应部位，以“・”表示致命部位，以“。”表示非致命部位。这样可使初学者容易找到部位。
(3)检骨图格：这是清代创制的一个检骨文件。乾隆三十五年（1770）安徽按察使增福奏请将人身骨节定为检骨图格，刊刻颁发。检骨图象尸图一样，也分仰合二面，用“・”表示骨骼的致命部位，计仰面10处，合面8处；用“。”表示不致命部位，计仰面33处，合面23处。
8、仵作：历代法律中都没有关于仵作的规定，唯独《大清律例》明文规定仵作的定额、招募、学习、考试、待遇与奖惩，并对不遵守这些规定的州县官进行处分。《大清律例》规定，州县均设有仵作，大县三名，中县二名，小县一名。额外再募一、二名，跟随学习。每名各发给《洗冤录》一部，由刑书逐细讲解。该管府州每年提考一次。考试时令每人讲解洗冤录一节，如果明白，当堂从优给赏；若讲解悖谬，勒限学习，另募充补。并将招募非人，懈于查察的州县查参。仵作工食按皂隶工食发给，学习时发给一半。若检验得法，果能洗雪奇冤，赏给银十两；若故行出入，照例治罪。
(二)法医学书籍
清代的法医学著作，大部分采取以下三种形式：对官订洗冤录的集证、补注、详义；探讨某些问题的论集；对官订洗冤集录的通俗化。
1、《检验尸伤指南附医救死伤法》各一卷，不著撰人姓氏，推定刊于清初。检验尸伤指南共有25条，是元刻《洗冤集录》的改编本，包括原书的几乎全部内容，并有参引《无冤录》之处。编写严谨，并有个人见解。
2、《洗冤录》及《洗冤录补》二卷。王明德撰，先列洗冤录原文一段，然后提出自己的见解――“附说”；或兼补充以自己的经验――“附说补”。王明德是《洗冤集录》刊行以来第一个增补最多的人。
3、《律例馆校正洗冤录》，本书是为统一外表检验的方法与结论，经律例馆校正，由朝廷正式颁发的官书，又称《校正本洗冤录》或《洗冤录》。四卷，刊于康熙三十三年(1694)，有单行本。亦有附于大清律例后者。本书是以《洗冤集录》为主，以王明德《洗冤录补》为辅，杂采明清各家之书汇编而成，优点是在许多方面继承了宋慈以后的法医学成就。缺点是选材不够严谨。本书一经颁行，即成为清代不可侵犯的官书，检验均依此书为准。
清代法医学著作的译本有十多种，其中日译本4种，法译本3种，德译本及英译本各2种，荷译本1种。
(三)法医学成就
1、舌骨骨折 国拙斋(1777)发现缢死时有舌骨骨折。这是十八世纪我国法医学的一项十分重要的发现。此外，还发现“左右耳后骨(颞骨乳突)俱有提绳痕”、“颈骨节上左右骨尖突处(颈椎横突)必有青色痕”。
2、扼痕 郎锦熙(1829)报告许多扼死鉴定例，指出在颈部常见有三种损伤：指甲伤、指头伤和(虎口)叉伤，具体描述了扼痕的各种特征，并指出了推定加害者用哪一侧手加害的可能性。
3、切颈 关于自刎与他杀切颈的鉴别，姚德豫(1832)提出了根据损伤的深浅、参差、排连等性状鉴别的方法，这是清代鉴别自杀他杀的又一重大成就。
4、枪创 国拙斋(1777)首先指出了射入口的性质是：“围圆肿胀，焦黑色(烟灰及火药粉)或红赤不等。”李观澜(1796)进而将枪创区别为射入口与射出口，并各指出其特征，以及霰弹创与射击距离的关系。郎锦麒指出，射入口与射出口孰大孰小是不一定的。在欧洲，最早指出射入口可能大于出口，也可能小于出口的是苏联学者皮罗果夫，大约在十九世纪40～60年代发现的。
5、假死 阮其新首先指出急性鸦片中毒容易陷入假死状态，且以尸僵、尸斑为真死的指征。这种显明的对于真死的现代见解，是以前的洗冤录类书中从未一见的。同书并介绍了极有价值的鸦片中毒假死实例。