患了性病淋巴肉芽肿后，主要表现为腹股沟淋巴结肿胀、化脓，发展至晚期，可以产生许多严重的并发症。其中以直肠狭窄最为多见，尤其是女性。假如病变发生在尿道，可伴发尿道狭窄；若发生在阴道，可造成阴道狭窄，还可发生阴道与直肠之间因穿孔而形成的通道（医学上叫瘘道）及外阴毁损等严重破坏性损害。缺损的生殖器还可发生癌变。性病淋巴肉芽肿并非一开始就出现这些严重的病变，在临床上，按疾病的发展过程可分为早期（感染、原发损害和皮肤损害）、二期（淋巴管播散、伴发全身症状）和三期（晚期）。
1、早期病变
病变为腹股沟淋巴结和生殖器、肛门直肠阶段。潜伏期1—4周或更长。
(1)原发损害
男性患者约1/3—1/2有原发损害，多不引起注意。原发损害表现为生殖器上有单个小丘疹或小水疱，随后糜烂，并可形成溃疡。损害边缘整齐，围有红晕，不痛、不痒。男性多发生在冠状沟、包皮、阴茎、龟头、尿道内。有口交行为的亦可发生于颊黏膜。女性发生于阴唇系带、小阴唇、阴道或尿道周围。原发损害一般无疼痛，持续1—3周而消退，不残留瘢痕。
(2)淋巴结病
感染后3—6周，原发损害发生后1—3周，出现局部淋巴结肿大。主要累及腹股沟淋巴结，约2/3的病例为单侧性，另1/3为双侧性。结节呈浸润性、硬，表面皮肤红或紫红色，并有皱褶，沿腹股沟呈腊肠样排列。随着疾病的进展，累及腹股沟韧带两侧淋巴结呈“沟槽”状肿大，称为“沟槽征”。约 2/3的结节可破溃，形成多发性瘘管，外观颇似“喷壶”状，有淡黄色浆液性或血性脓液溢出。约1/4的结节不破溃，于8—12周内可自然吸收，少数结节成为持久性硬化性团块。男性患者亦可累及股淋巴结和髂淋巴结，女性尚可累及髂和直肠周围淋巴结。阴蒂和阴唇病变可与腹股沟淋巴结交通。有变态性行为者可累及其他部位淋巴结，如与感染者有口腔生殖器性行为，可发生颌淋巴结肿大，颇易考虑为淋巴瘤或何杰金氏病。
(3)直肠炎
同性恋者或性欲倒错者可表现为出血性直肠炎(脓性分泌物和填肠} 出血)。直接检查可见直肠黏膜发炎、充血、局限性剥脱或肉芽组织，可导致直肠周围脓肿、直肠阴道瘘和直肠狭窄。
2、二期病变
本病为全身性疾病，在淋巴结病变发生的同时可有全身症状如发热、盗汗、周身不适、体重减轻、头痛、游走性关节痛、多关节炎、肌痛、肝和脾肿大、假性脑膜炎和结膜炎等。皮肤表现有多形红斑、结节性红斑、猩红热样皮疹、丘疹脓疱性损害和光过敏等。
患病女性和男性同性恋患者可发生生殖器肛门直肠综合征。此综合征的早期系直接接种或直肠周围淋巴结炎破溃所致，肛门和直肠黏膜水肿、出血和脱落，并因之而有腹泻、里急后重、腹痛和交替性便秘。晚期肛门环附近发生管样或环状直肠狭窄，亦可发生直肠阴道和（或）肛门瘘，以及直肠周围脓肿。阴茎、阴囊和女阴可发生橡皮病样肿胀和溃疡。口腔生殖器性交者可发生溃疡性舌炎和淋巴结病。晚期也有癌变者。
3、三期(晚期)病变
主要表现为全身衰弱和局部毁形，多因直肠狭窄和淋巴循环障碍所致。男性有时发生尿道瘘和生殖器水肿。女性可发生阴唇溃疡，其周围水肿和纤维性硬化，称为女阴蚀疮，也称阴部肛门直肠症侯群。女性之所以多发，是因为女性盆腔的淋巴系统解剖学特点所决定。女阴蚀疮共分两种病型，在女性病例中，此两种病型多混合发生。
(1)外阴部症侯群
本症由于长期淋巴回流障碍及溃疡形成，促使外阴部的皮肤黏膜肥厚、硬化，有如橡皮病样，大小阴唇呈橡皮样肿张。并有多数大小不等的息肉及肿瘤状增生。此外在阴道口、阴道壁及宫颈部也有同样病变，甚至尿道外口发生狭窄。如果在深部发生脓肿，可使尿道、阴道及直肠间形成瘘孔。此型在男性极为罕见，但能出现阴囊及阴茎橡皮病。
(2)肛门直肠症候群
初发病灶为肛门直肠黏膜浅在性溃疡。病变在肛门部如痔疮状隆起或瘘孔。直肠部可出现边缘隆起的溃疡及硬化，临床可见有脓血便及腹泻。感染1—2年后可出现直肠狭窄。女性直肠狭窄比男性多见。直肠下部淋巴循环障碍可导致肛周淋巴管扩张而且易误诊为痔。狭窄可发生在直肠口上方，形成环状带，或在直肠下部形成数厘米管状缩窄并伴有肠壁明显肥厚和纤维化。
二期、三期病程极慢，常多年不愈。
