运用著作权制度存在的问题
我国《著作权法》第十二条规定：“改编、翻译、注释、整理已有作品而产生的作品，其著作权由改编、翻译、注释、整理人享有，但行使著作权时不得侵犯原作品的著作权。”第十四条规定：“汇编若干作品、作品的片段或者不构成作品的数据或者其他材料，对其内容的选择或者编排体现独创性的作品，为汇编作品，其著作权由汇编人享有。”这些规定为中医药文献重新整理和汇编提供了著作权保护。但在实际运用中存在一些问题：一是中医药创作大都源于生活和医疗实践，是世世代代相传的文化知识，著作权人的认定很困难。很多中医药创作是由集体智慧发展而来，如何设置经典古籍的权利人以及在使用中应如何标注，是我国中医药产权工作需要解决的一个问题。二是著作权制度保护的客体不能超过一定的期限（作者终生加死后50年），但中医药知识世代相传，中医药古籍都超过了著作权所设定的保护期，不符合其保护的要求。
运用商标制度存在的问题
在现代知识产权制度下，商标作为商品和企业的象征，是一种无形资产，在企业的经济活动中具有重要作用。我国现行《商标法》《商标法实施细则》在中医药领域发挥了巨大的作用，但在实际运用中仍存在一些问题：一是中医药企业商标产权意识淡薄，对商标的市场价值理念尚未形成。商标制度在医药领域的作用还没有得到完全发挥，表现为中药商品注册量少、商标设计差、盲目注册等。二是药品名与商标名混用。中医药特有标志符号被不当注册为商标，这些标志和符号有的被个别企业所抢注而独占使用，现行商标制度对此类做法没有相应的限制性规定。另外，药品名称和商标名称混用导致的企业纠纷较多。
运用专利制度存在的问题
我国1985年开始实施《专利法》，对“药品和化学方法获得的物质”不给予专利保护，只保护药品的制备方法。1993年修改的《专利法》开始给予药品发明以专利保护。同年，国务院发布了《中药品种保护条例》，正式把中药品种保护纳入法制化轨道。由于现行专利制度要求保护的客体具备新颖性、创造性、实用性，而大量的传统中医药知识已经处于对公众公开的状态，难以具备新颖性，因此不符合授予专利权的基本条件。另外，我国《专利法》第二十五条规定：“不适宜专利法保护的主题：①科学发现；②智力活动的规则和方法；③疾病的诊断和治疗方法。”这条规定在制度上排斥了中医药比较有特色的诊断和治疗方法，不能激励中医药自身的技术创新。
