标本中气理论是运气学说的重要内容之一：它以阴阳六气的理论，研究天之六气与人体六经的关系，说明运气与人体发病的规律，通过分析六淫变化之所在而提示临证治疗的大法。
一、标本中气的概念
在运气学说中，标是从本所出的“标”，本是由标所出的“本”。风、热、湿、燥、寒、火，天之六气为本；人体少阳、太阳、阳明、少阴、太阴、厥阴，三阴三阳六经为标；在本气之下，标气之上，而界于标本之间者为中气。故曰：“所谓本也，本之下，中之见也；见之下，气之标也”（《素问·六微旨大论》）。风寒暑湿燥火为天之六气，三阴三阳六气所化，而风化厥阴，热化少阴，湿化太阴，火化少阳，燥化阳明，寒化太阳。所以说：“风寒暑湿热火，在天之六气也：三阴三阳合于地之十二支，而上奉天之六气，是以天气为本，而三阴三阳为标”（《黄帝内经素问集注》）。“六经之气，以风寒热湿火为本，三阴三阳为标，本标之中为中气”（《类经图翼·经络》）。
二、标本中气的分配规律
六气标本中气的分配规律是：少阳以火为本，以少阳为标，以厥阴为中见之气；阳明以燥为本，以阳明为标，以太阴为中见之气；太阳以寒为本，以太阳为标，以少阴为中见之气；厥阴以风为本，以厥阴为标，以少阳为中见之气；少阴以热为本，以少阴为标，以太阳为中见之气；太阴以湿为本，以太阴为标，以阳明为中见之气。故曰：“少阳之上，火气治之，中见厥阴；阳明之上，燥气治之，中见太阴；太阳之上，寒气治之，中见少阴；厥阴之上，风气治之，中见少阳；少阴之上，热气治之，中见太阴；太阴之上，湿气治之，中见阳明”（《素问·六微旨大论》）。总之，上之六气为三阴三阳之本，下之三阴三阳为六气之标，而兼见于标本之间者，因阴阳表里相通，如少阳厥阴为表里，阳明太阴为表里，太阳少阴为表里，故彼此互为中见之气。
人生存在气交之中，六气的标本中气，其于人之应之者亦然。人体经络脏腑与天之六气标本中气的相应关系是：脏腑经络的标本，脏腑为本居里、十二经脉为标居表，表里相络者为中气居中。所谓相络，是指表里互相维络，如肾与膀胱之脉互相络，脾与胃之脉互相络，心与小肠之脉互相络，心包络与三焦之脉互相络，肝与胆之脉互相络，肺与大肠之脉互相络。故曰：“脏腑经络之标本，脏腑为本居里，十二经为标居表，表里相络者为中气居中。所谓相络者，乃表里互相维络，如足太阳膀胱经络于肾，足少阴肾亦络于膀胱也。余仿此”（《类经图翼·经络》）
三、标本中气的从化规律
标本中气的从化规律，是说明六气的正常化生在标本中气之间的相应关系。风、热、湿、火、燥、寒六气之间，标本不同，所以从化关系也不一致。其从化规律是：
（一）标本同气，皆从本化
少阳、太阴从乎本。因为少阳本火而标阳，太阴本湿而标阴，二者的本气和标气的阴阳属性一致，均属标本同气，故少阳、太阴皆从本化。少阳之中，厥阴风木，木火同气，木从火化；太阴之中，阳明燥金，土金相生，燥从湿化。故少阳、太阴之中气，也就从本气之化。
（二）标本异气，从本从标
少阴、太阳从本从标：因为少阴本热而标阴，太阳本寒而标阳，二者均为标本异气，故或从本化，或从标化。少阴君火，从本化则热，从标化则寒；太阳寒水，从本化则寒，从标化则热。少阴之中，太阳寒水；太阳之中，少阴君火。同于本则异于标，同于标则异于本，中气和标之气有水火阴阳之殊，故本标中气都不同化，所以少阴、太阳或从本或从标。
（三）阳明厥阴，从乎中气
阳明、厥阴不从标本，而从乎中气。因为阳明之中，太阴湿土，燥从湿化；厥阴之中，少阳相火，木从火化。故阳明、厥阴不从标本，而从乎中气。所谓“五行之气，以木遇火，则从火化，以金遇土，则从湿化，总不离于水流湿，火就燥，同气相求之义耳”（《类经图翼·经络》）。
总之，六气标本中气的从化规律为“少阳太阴从本，少阴太阳从本从标，阳明厥阴，不从标本从乎中也。故从本者，化生于本，从标本者有标本之化，从中者以中气为化也”（《素问·至真要大论》）。
四、标本中气与生理
“天之六气为本而上，人身三阴三阳为标而上奉之，所谓天有此六气，人亦有此六气也”（《伤寒集注》）：天时有六气之变，人体与自然密切相关，脏腑外应六气，六气内应脏腑，有机地互相联系为统一的整体。标本中气理论，在阴阳五行学说指导下，把人体脏腑经络分为三阴三阳，并联系六气胜复，取象于天地，得出在天为本，在人为标，在标本之间为中见之气的基本概念，把六气六经及经气的表里确立了标本中气，建立起脏腑经络应于本标中气的相应关系。故曰：“内经所言，某经之上，某气治之，之上云者，盖脏腑为本，经脉为末，是脏腑居经脉之上，故称上焉。由脏腑本气，循经下行，其中络者，中之见也。中见之下，其经脉外走手足以成六经。又各有太少阳明三阴之不同，则系六气之末，故曰气之标也”（《伤寒浅注补正》）。天之六气能影响人体的三阴三阳，使之发生相应的变化，所以人体脏腑的机能活动在四季不同的气候中，又有着不同的差异，这就是标本中气的生理机制。六气标本中气的从化规律，在人体正常气化活动中占有重要的地位。故曰：“从其化者化之常，得其常者化生不息；逆其化者化之变，值其变则强弱为灾”（《类经图翼·经络》）。
五、标本中气与病理
人生活在自然界中，既受六气之益，又受六气之害，天之六气变化相移，如化非其时，不能与节气相应，就会有胜复太过不及之变。这种变化如果超过了人体调节机能的一定限度，或由于人体的调节机能失常，不能对外界变化作出适应性调节，便形成了六淫邪气，人感之则病。由于六淫有太过不及之异，人体脏腑经脉阴阳又有偏实偏虚之别，所以疾病的发生是变化多端的。其基本规律是：“百病之起，有生于本者，有生于标者，有生于中气者，有取本而得者，有取标而得者”（《素问·至真要大论》）。
六经气化论者，在天人相应的整体观念指导下，运用标本中气理论分析了六经病的阴阳、表里、寒热、虚实的病理机制，论述了六经病的证治规律，形成了中国古代研究《伤寒论》的一个重要学派――六经气化学派。这一学派认为六经之为病，即六经气化之病。如：太阴本湿而标阴，中气为阳明燥金。其标本同气，故邪伤太阴则病从本化而出现腹满而吐、食不下、自利、时腹自痛、脉缓弱等脾虚湿盛之征。其中见之阳明燥金亦被其所化，就出现吐泻等症的湿化之候，此为病生于本者。
少阴本火（热）而标阴，中气为太阳寒水。其标本异气，故邪人少阴则病有从本化热和从标化寒之别。从标化寒则形成少阴寒化证，出现四肢厥逆、下利清谷、无热恶寒、渴喜热饮、心烦、吐利、脉微细等兰派阳虚之象；从本化热则形成少阴热化证，出现下利、口渴、心烦不得卧、舌红、脉细数等一派阴虚之象。此为病生于本生于标者。
阳明本燥（阴）而标阳，中气为太阴湿土，其标本异气。因金遇土则从湿化，故其病不从标本而从乎中，出现胃中虚冷、水谷不别、食谷欲呕、大便初硬后溏等中见阴湿之候。但是，阳明病并不一定完全按标本中气的从化规律发展，因为太阴脾与阳明胃同居中州，脾喜燥恶湿，胃喜润恶燥；脾宜升则健，胃宜降则和。脾胃之间燥湿相济，升降相因，以维持水谷消化吸收和输布的正常生理功能。胃喜润恶燥，胃气以下行为顺的生理特性决定了阳明病的病理特点：阳明病易从燥化，临床上以从本化燥的燥化证为主。故曰：“阳明之为病，胃家实也”（《伤寒论》）。此为病本应生于中气又非完全生于中气者。
上面我们以太阴、少阴、阳明为例，用标本中气的理论分析了它们的病理变化。其他各绎的气化为病，率皆如此，不一一赘述。总之，标本中气理论提示了六经为病的病理特性及其阴阳、表里、寒热、虚实的变化。一般说来，三阻中以太阳为表，阳明为里，少阳为半表半里。其病多属于热证、实证，概为阳证。病在三阳表示人体正气亢盛，抗病力强，邪气实，病情一般呈亢奋状态。三阴中以太阴人里尚浅，少阴人里已深，厥阴人里尤深。其病多属于寒证、虚证，概为阴证。病在三阴表示人体正气衰减，抗病力弱，病邪未除，病情一般呈虚衰状态。受邪相同而病证属性判然不别，这也是标本中气变化不同使然。
必须指出，脏腑经络是气化的物质基础，气化是脏腑经络生理功能的表现。因此，脏腑、经络、气化三者息息相关，密不可分。明乎此，方得六经气化学说之真谛，才不至于把标本中气理论当成刻板的公式，方能正确地运用标本中气理论去阐明生理病理现象。
六、标本中气与治疗
六气（淫）之邪感人虽同，但是由于人之禀赋各异，气有盛衰，脏有寒热，故所受之邪每从其人之脏气而化，或从虚化，或从实化，或从寒化，或从热化，而生病各异。所以，在临床上就要依据不同的情况而辨证施治。
（一）生子本者，求之于本
太阴湿土，本湿而标阴，标本同气，所以病人太阴，邪从本化，则出现中阳不振，寒湿内阻之候，故用理中丸（汤）温中散寒、健脾燥湿而治其本。如是脾阳得运，寒湿既除，中土有权，升降复常，诸症自愈。即病生于本，就求之于本。
（二）生子标者，求之子标
少阴君火，本热而标阴。病人少阴，其标本有水火阴阳之别。若病邪从本化热而为少阴热化证，属少阴阴虚火旺者用黄连阿胶汤滋阴降火，交通心肾；属少阴阴虚水热互结者用猪苓汤育阴清热利水。病从本化，故治之于本。如病邪从标化寒而为少阴寒化证，则治宜扶阳抑阴，以四逆汤回阳救逆，附子汤温经扶阳、除湿止痛，真武汤温阳化气行水等。病生于标，就求之于标。
（三）生于中气者，求之于中气
太阳中见之气为少阴。太阳病外邪久羁，或汗下失宜，均可导致病从中化之候。如下后复汗，阳气大伤，阴寒内盛，而致昼日烦躁不得卧，夜而安静，不呕，不渴，无表证，身无大热，脉沉微之阳虚烦躁证，是阳虚阴盛，阳为阴格，病势重急，阳气将脱之象。病在少阴，性属阳虚。故急用干姜附子汤急救回阳，姜、附辛热，急复其阳，附子生用，其力更锐。其方类似四逆，然而不用甘草，其势尤猛，浓煎顿服，则药力集中，较之四逆收效更速，单捷小剂，其力精专，有单刀直人之势。病生于中气，就求之于中气。
（四）生于标本，标本兼施
太阳本寒而标阳，其病从本化寒，从标化热，若病既生于本，又生于标，则标本同治。如太阳伤寒，兼有里热之候的大青龙汤证。太阳表寒证是病生于本，发热烦躁为病生于标，是标与本俱病，故大青龙汤用麻黄汤加石膏、姜、枣，发汗解表，清热除烦，而标本兼顾，表里双解。
总之，标本中气的治法，无论取标本或取中气，只要是病之所在，就是治之所施。不论是治标、治本还是治中气，不论是从治、反治、逆治、正治，都是针对着疾病的主要矛盾而采取的不同方法而已。要之，“知标与本，用之不殆”，“夫标本之道，要而博，小而大，可以言一而知百病之害，言标与本，易而勿损，察本与标，气可令调”（《素问，至真要大论》）。