- 神气存亡论（十二）
- 君火相火论（十三）
- 先天后天论（十四）
- 标本论（十五）
- 求本论（十六）
- 治形论（十七）
- 脏象别论（十八）
- 天年论（十九）
- 中兴论（又十九）
- 逆数论（二十）
- 反佐论（二十一）
- 升阳散火辩（二十二）
- 夏月伏阴续论（二十三）
- 阳不足再辩（二十四）
- 小儿补肾论（二十五）
- 命门余义（二十六，共六条）
- 误谬论（二十七）
- 辩河间（二十八，共九条）
- 辩丹溪（二十九，共九条）
- 论时医（三十，共三十一条）
- 京师水火说（三十一）
- 医非小道记（三十二）
- 病家两要说（三十三，一、忌浮言，二、知真医）
- 保天吟（三十四）
- 经义（一）
- 伤寒总名（二）
- 初诊伤寒法（三）
- 论脉（四）
- 风寒辩（五）
- 伤寒三证（六）
- 六经证（七）
- 传经辩（八附合病并病义）
- 阳证阴证辩（九）
- 三阳阳明证（十）
- 两感（十一）
- 表里辩（十二）
- 寒热辩（十三）
- 论汗（十四）
- 论吐（十五）
- 论下（十六）
- 看目（十七）
- 舌色辩（十八）
- 饮水（十九）
- 三阳阴证辩（二十）
- 再论阴证阳证及李子建《伤寒十劝》之害（二十一）
- 论伤寒古治法（二十二）
- 论古法通变（二十三）
- 麻黄桂枝辩（二十四）
- 论今时皆合病并病（二十五）
- 治法（二十六）
- 论虚邪治法（二十七）
- 补中亦能散表（二十八）
- 寒中亦能散表（二十九）
- 伤寒三表法（三十）
- 伤寒无补法辩（三十一）
- 病宜速治（三十二）
- 温病暑病（三十三）
- 发斑（三十四）
- 发黄（三十五）
- 发狂（三十六）
- 风湿（三十七）
- 结胸（三十八）
- 阴厥阳厥（三十九附脏厥蛔厥）
- 谵语郑声（四十）
- 衄血（四十一）
- 蓄血（四十二）
- 热入血室（四十三）
- 胸胁腹满（四十四）
- 呕吐哕证（四十五）
- 劳力感寒（四十六）
- 虚证（四十七）
- 动气（四十八）
- 战汗（四十九）
- 头汗（五十）
- 吐蛔（五十一）
- 腹痛（五十二）
- 下痢（五十三）
- 协热下痢（五十四）
- 小便（五十五）
- 死证（五十六）
- 伤寒逆证赋（五十七）
- 伤寒治例（五十八）
- 温中和中类
- 清理类
- 吐涌类
- 攻下类
- 培补类
- 经脉之本（三）
- 经脉诸脏病因（四）
- 经不调（五）
- 血热经早（六）
- 血热经迟（七）
- 血寒经迟（八）
- 血虚经乱（九）
- 肾虚经乱（十）
- 经期腹痛（十一）
- 崩淋经漏不止（十二）
- 杀血心痛（十三）
- 热入血室（十四）
- 辩血色（十五）
- 血枯经闭（十六）
- 经脉类论列总方（十七）
- 胎脉（十八）
- 胎候（十九）
- 安胎（二十）
- 恶阻（二一）
- 胎气上逼（二二）
- 胎漏（二三）
- 妊娠卒然下血（二四）
- 胎动欲堕（二五）
- 数堕胎（二六）
- 胎不长（二七）
- 鬼胎（二八）
- 妊娠药禁（二九）
- 妊娠寡欲（三十）
- 滑胎（三十二）
- 催生（三三）
- 稳婆（三四）
- 产要（三五）
- 六逆产（三六）
- 胞破产难（三七）
- 胞衣不出（三八）
- 气脱血晕（三九）
- 儿初生（初诞法详小儿门，四十）
- 子死腹中（四一）
- 产门不开不闭子宫不收（四二）
- 小产（四三）
- 下胎断产（四四）
- 产育类论列总方（四五）
- 论产后当大补气血（四六）
- 论产后三禁（四七）
- 产后腹痛（四八）
- 产后发热（四九）
- 产后乍寒乍热（五十）
- 蓐劳（五一）
- 产后喘促（五二）
- 产后恶露不止（五三）
- 产后发痉（五四）
- 产后大便秘涩（五五）
- 产后杂证方（五六）
- 产后类论列总方（五七）
- 总论（一）
- 初诞法（二）
- 总护养法（三）
- 初生儿看病法（四）
- 看小儿寿夭法（五）
- 脉法（六）
- 声音（七）
- 颜色（八）
- 药饵之误（九）
- 小儿诊治大法（十）
- 撮口脐风（十一）
- 惊风（十二）
- 论惊风证治（十三）
- 急惊风（十四）
- 慢惊风（十五）
- 大惊卒恐（十六）
- 惊啼（十七）
- 发搐（十八）
- 夜啼（十九）
- 发热（二十）
- 外感发热治法（二十一）
- 外感发热弗药可愈（二十二）
- 诸热辩证（二十三）
- 内热证（二十四）
- 小儿上论列方（二十五）
- 吐泻（二十六）
- 霍乱吐泻（二十七）
- 论泻痢粪尿色（二十八）
- 吐乳（二十九）
- 五疳证（三十）
- 盗汗（三十一）
- 腹胀腹痛（三十二）
- 痞块（三十三）
- 癫痫（三十四）
- 溺白（三十五）
- 变蒸（三十六）
- 小儿下论列方（三十七）
- 总论（一）
- 初辩痘证（二）
- 论脉（三）
- 形色情性（四）
- 日期（五）
- 五脏证（六）
- 分气血（七）
- 辩虚质寒热（八）
- 部位吉凶（九）
- 痘形痘色吉凶（十）
- 吉证（十一）
- 凶证（十二）
- 怪痘形证（十三）
- 死证日数歌（十四）
- 发热三朝辩吉凶（十五）
- 报痘三朝辩吉凶（十六）
- 起发三朝辩吉凶（十七）
- 灌脓三朝辩吉凶（十八）
- 结靥三朝辩吉凶（十九）
- 落痂后辩吉凶（二十）
- 痘疮上论列方（二十一）
- 总论治法（二十二共十九条）
- 热证论治（二十三共十一条）
- 发热三朝治款（二十四）
- 报痘三朝治款（二十五）
- 起发三朝治款（二十六）
- 灌脓三朝治款（二十七）
- 结靥三朝治款（二十八）
- 靥后落痂治款（二十九）
- 痘后余毒发热（三十）
- 禁忌（三十一）
- 出不快（三十二）
- 陷伏（三十三）
- 痒抓破（三十四）
- 作痛（三十五）
- 头面肿（三十六）
- 痘疔黑陷（三十七）
- 饮食（三十八）
- 咽喉口齿（三十九）
- 痘疮中论列方（四十）
- 总论吐泻（四十一）
- 呕吐（四十二）
- 泄泻（四十三）
- 寒战切牙（四十四）
- 烦躁（四十五）
- 喘急（四十六）
- 声音（四十七）
- 惊搐（四十八）
- 昏睡（四十九）
- 腰痛（五十）
- 腹痛（五十一）
- 腹胀（五十二）
- 厥逆（五十三）
- 发渴（五十四）
- 失血（五十五）
- 发泡（五十六）
- 溃烂（五十七）
- 多汗（五十八）
- 夹疹（五十九）
- 夹斑（六十）
- 昼夜啼哭（六十一）
- 大小便闭（六十二）
- 目证（六十三）
- 痘痈痘毒（六十四）
- 疳蚀疮（六十五）
- 痘药正品（六十六）
- 痘家药忌（六十七）
- 痘疮下论列方（六十八）
- 经义（一）
- 脉候（二）
- 论证（三）
- 善恶顺逆（四）
- 虚实（五）
- 浅深辩（六）
- 总论治法（七）
- 败毒（八）
- 托里（九）
- 论汗下（十）
- 论灸法（十一）
- 脓针辩（十二）
- 论针法（十三）
- 用针勿忌?神（十四）
- 围药（十五）
- 腐肉（十六）
- 舍时从证（十七）
- 阳气脱陷（十八）
- 温补按则（十九）
- 定痛（二十）
- 生肌收口（附成漏证二十一）
- 用香散药（二十二）
- 槐花酒（二十三）
- 忍冬酒（二十四）
- 肿疡（二十五）
- 肿疡不足（二十六）
- 溃疡（二十七）
- 溃疡有余（二十八）
- 溃疡作痛（二十九）
- 溃疡发热（附恶寒三十）
- 发热烦躁（三十一）
- 作呕（三十二）
- 作渴（三十三）
- 泻痢（三十四）
- 大便秘结（三十五）
- 小便淋涩不利（三十六）
- 发痉（三十七）
- 无寐（三十八）
- 疮疡出血（三十九）
- 戒忌调护（四十）
- 阴阳证变（四十一）
- 论列方（外科上）
- 发背（四十二）
- 脑疽（四十三）
- 耳疮（四十四）
- 鬓疽（四十五）
- 腮（四十六）
- 瘰（四十七）
- 疔疮（四十八）
- 时毒（四十九）
- 肺痈肺痿（五十）
- 乳痈乳岩（五十一，妇人门亦有乳证当互察之）
- 胃脘痈（五十二）
- 腹痈（五十三）
- 肠痈（五十四）
- 附骨疽（五十五）
- 臀痈（五十六）
- 流注（五十七）
- 鹤膝风（五十八）
- 多骨疽（五十九）
- 下疳疮（六十）
- 便毒（六十一）
- 杨梅疮（六十二）
- 囊痈（六十三）
- 悬痈（六十四）
- 脱疽（六十五）
- 脚发（六十六）
- 足跟疮（六十七）
- 肾藏风疮（六十八）
- ？疮（六十九）
- 天泡疮（七十）
- 赤白游风（七十一）
- 翻花疮（七十二）
- 痔漏（七十三，附脏毒下血按）
- 跌打损伤（七十四）
- 杖疮（七十五）
- 破伤风（七十六）
- 类破伤风（七十七）
- 斑疹丹毒（七十八）
- 瘤赘（七十九）
- 疣（八十）
- 论列方（外科下）