杨氏对针法补泻的原理也作了阐述，《针灸大成・经络迎随设为问答》中说：“……欲治经脉，须调荣卫，须假（借助）呼吸。经曰：卫者阳也，荣者阴也；呼者阳也，吸者阴也。呼尽内针，静以久留，以气至为故者，即是取气于卫。吸则内针，以得气为故者，即是置气于荣也。”这是从营卫阴阳来分析补泻法的要领。浅层为卫，属阳；深层为营，属阴。呼则气出，为阳；吸则气入，为阴。补法须从营置气。“卫气者，浮气也，专主于表；荣气者，精气也，专主于里。”“当知荣卫内外之出入，经脉上下之往来，乃可行之。夫荣卫者阴阳也……乃是因其阴阳内外而进退针耳。至于经脉为流行之道……乃是因其气血往来，而顺逆行针也。大率言荣卫者，是内外之气出入；言经脉者，是上下之气往来。各随所在顺逆而为刺也。”认为针刺补泻法离不开营卫气血的深浅出入和上下往来。以顺其气为补，逆其气为泻。“阳下之曰补，阴上之曰泻。”因为阳气生于外，所以补法要使阳气入内；阴气生于内，因此泻法要使阴气外出。营卫气血说是补泻的理论基础，“百病所起，皆始于荣卫，然后淫于皮肉筋脉，……是以刺法中但举荣卫，盖取荣卫逆顺，则皮骨肉筋之治在其中矣。”荣卫之气均出自谷气，所以杨氏指出：“凡刺浅深，惊针则止；凡行补泻，谷气而已。”
补泻的大小之分
杨氏认为“刺又大小”，有手法较轻（平和）的“平补”“平泻”（小补、小泻）；有手法较重的“大补”“大泻”。《针灸大成・经络迎随设为问答》：“问：刺有大小？答曰：有平补、平泻，谓其阴阳不平而后平也。阳下之曰补，阴上之曰泻，但得内外之气调则已。用大补、大泻，惟其阴阳俱有盛衰，内针于天地部内俱补俱泻，必使经气内外相通，上下相接，盛气乃衰，此名调阴换阳，一名接气通经，一名从本引末。审按其道以予之，徐往徐来以去之，其实一义也。”所称“平补，平泻”是指手法较轻、刺激量较小的补泻手法，而“大补、大泻”则是手法较重，刺激量较大的补泻手法。平补、平泻只用轻慢柔和、由浅而深（补）或由深而浅（泻）的捻转和提插法，使内外（深浅）之气调和即可。大补、大泻则要分别在天部、地部（或分天、人、地三部）每一部都施行补泻手法，以达到经气内外相通、上下相接。如烧山火、透天凉之类。
由此可以看出：“补法”有属于弱刺激，有属于强刺激。“泻法”也是如此，有属于强刺激，有属于弱刺激。也就是说，有属于弱刺激的“平补平泻”，有属于强刺激的“大补大泻”。
透穴针法的应用
金、元时期的针灸家提出“一针两穴”的透穴针法，这是采用不同的方向、角度和深度以同一针作用于两个穴位来增加针刺的强度。有四肢内外侧或前后侧相对穴位的“直透”，各部上下方或前后方邻近穴位之间的“横透”，以及一穴透刺多穴的“多向透”等法。如《玉龙歌》：“偏正头风痛难医，丝竹空金针亦可施，沿皮向后透率谷，一针两穴世间稀。”杨氏在注解中又补充了许多实例，如风池透风府或合谷透劳宫治偏正头风。印堂透左右攒竹治小儿惊风。地仓透颊车或颊车透地仓治口眼 斜。头维透额角治头疼、眩晕。瞳子 透鱼腰治目红肿痛。膝关透膝眼治膝肿痛。昆仑透太溪治腿足红肿。间使透支沟治疟疾。液门透阳池治手臂肿痛。采用透穴针法可扩大刺激面以增强针刺的强度，或使针刺感应易于扩散传导。