中医的病因学说，自春秋以迄六朝，医学的发展基本上已形成了“千般灾难，不越三条”的概念，奠定了“三因学说”基础。即以六淫为内容的外因学说、以七情为内容的内因学说和以虫兽、房室、刀刃伤为内容的不内外因学说。隋唐时期医家本着医之作也，求百病之本而善则能全”（巢元方《诸病源候论》序人民卫生出版社，1955年）的精神，在医疗实践中作了新的探索，在病因学和症侯学方面均有显著进步。其特点为：开展一个病一个证候的研究，注意客观证状的描述：以证候分类，注意同类间的鉴别；证候与病因结合、证候与脏腑联系；并注意预后的分析。
一、逐个病研究，探索病因
对病因证候学的研究，隋・巢元方《诸病源候论》之成就最为卓越。该书分为67门，载述疾病病源证候共1739论，是我国最早的病源证候学专著。《千秋要方》、《千金翼方》和《外台秘要》也多先论病因证候，后述治疗医方，对临床各科疾病广收博采，对每一病证逐个深入研究，在病因方面多所发现，或则以其新的认识，提出相当符合实际的推断，是我国最早的病源证候学专著。《千金要方》、《千金翼方》和《外台秘要》也多先论病因证候，后述治疗医方者。
（一）乖戾之气学说
《诸病源候论》在对伤寒、时行、温病等的研究中，发现了这些病都由“乖戾之气”引起，如，伤寒、时行、温度在隋唐以前也有论及，唯葛洪在《肘后备急方》，中提到了温病是“其年岁中有病气兼挟鬼毒相注”而成，号曰疠气，但挟鬼毒，尚未完全脱离鬼神为病之迷信观点。而《诸病源候论》已不满足以外感六淫说明外感病之病将伤寒、温病、时行均明确归因于人感受“乖戾之气”而致病，气候之温凉失节是一个诱因，并认识到这些病之有传染性。
（二）虫致病学说
虫，作为病因之一，前人多指肉眼可见之虫类咬螫所引起者。如蜈蚣螫伤，蜂叮咬之类，隋唐医家对诸如尸注、鬼疰、麻风等病均认为是“虫”引起之病，这就超越前人认识的广度和深度，而赋于“虫”说更深更新的意义。
对尸注、死注、飞尸、鬼疰等病（类似今之肺结核病），《诸病源候论》认为是因“人无问小大，腹内皆有尸虫。尸虫为性忌恶，多接引外邪，共为患害”（同①卷47，P，250）而致。作者相信，尸注、鬼注等病都因有“尸虫”客观存在而致。虫之由来，则为“人有病注死者，人至其家，染病与死者相似，遂至于死，复易旁人，故谓之死注”，很明显，这是接触传染所致；“人死三年之外，魂神因作风尘，著人成病，则名风注”，这已涉及空气飞沫传染：“坐席钦啖，而有外邪恶毒之气随饮食入五脏。……故谓之食注”，此为经过饮食等消化道传染，《诸病源候论》作者通过长期观察和临床研究，对尸注等病的传染途径作了合乎逻辑的论断。
此外，值得注意的是，他们对疥虫的逼真描写，对“寸白虫候”“蛲虫候”的科学论断，都证明他们观察研究之深入。
（三）体质差异学说
如则更认识到机体的特异性，《诸病源候论》对于有的人晕车晕船，指出“持由质性自然，非关宿挟病也”（巢元方《诸病涛候论》卷10，P217，P219，人民卫生出版社，1955年），此外还有对漆疮的叙述等都明确指出由于体质差异，所出现的不同情况。
二、注重客观症状的观察和描述
隋唐医家对病症的认识显示了很高的水平，在他们的著作中对疾病症状作了客观而细致深入的描述，并且有所发现，使本时期症状学和治疗学的水平都达到新的高度。
“风为百病之长”，因而历代医京都对风病予以重视，隋唐医家的研究尤为缜密。明显较前代描述为详的是风偏枯、风痱、风懿(风癔)，特别是孙思邈将三者并列，反映了他对此病的认识，表明作者已意识到偏枯、风痱、风懿这三种现今被认为是脑血管意外疾患，有其轻重不同的类型，同时，也存在着内在联系，这是隋唐以前医籍所未认识的。
对虚劳病，《诸病源候论》以七十五论阐述，是历代医书述及虚劳最详细者。所述内容除部分为病后体弱，绝大多数证候均可与结核病的各期或各型相对应，如虚劳盗汗、虚劳骨蒸、虚劳寒热、虚劳咳嗽、虚劳唾血、呕血、衄血以及不能食、不得眠等，在肺核初期、浸润期都可发生；而虚劳兼痢、虚劳秘涩(便秘)、虚劳心腹痛则发生在肠结核时；虚劳症瘕为肠系膜淋巴结核；虚劳小便难、或小便余沥、小便白浊、虚劳尿血则为泌尿系结核的常见症，虚劳无子候则为生殖系结核。虚劳导致无子，这在病因学上也是新发现。而将盗汗、咳嗽、唾血、痢、尿血等均加以虚劳以区别于一般之盗汗、咳嗽诸症，也属对虚劳认识之进步，唐代医家崔知悌《灸骨蒸法国》则曰“骨蒸病者，亦名传尸，……其为状也，发干而耸，或聚或分，或腹中有块，或脑后近下两边有小结，多者乃至五六，或夜卧盗汗，梦与鬼交通，虽目视分明而四肢无力，或上气食少，渐就沉羸，纵延时日，终于溘尽”。（《外台秘要》卷B，P351～352，人民卫生出版社，1955年），崔氏之论客观上反映了颈淋巴结核和部淋巴结核之症状。
唐代办思邈对附骨疽的论述，从其描述的客观症状看，“如疮不差，差而复发，骨从孔中出者，名为骨疽”。与现代医学对好发部位，病程认识，临床症状等基本一致，正因此隋唐医家能将附骨疽与其他疽病如缓疽、瘭疽及贼风等区别开来，体现了诊断水平的提高。
此外，对脚气病，清渴有证状亦有详述。对瘿病症状“瘿上短气”、“瘿上气胸满”、“瘿气面肿”（孙思邈《千金要方》卷21，P441，人民卫生出版社，1955年），是中医文献中的首载，对反花疮的描述（巢元方《诸病源候论》卷35，P187，人民卫生出版社，1955年），则是对癌症的最早记载，蔺道人的《理伤续断方》中，首先提出了“破伤风”之病名，使先秦以来诸多形容破伤风的名词如“伤痉”、“发痉口噤”、“金疮中风痉”、“金疮中风角弓反张”等得到了统一，并沿用至今。
三、证候分类与鉴别
隋唐医家在描述证候时，都注意到证候的分类，而在合理的分类与同类间的鉴别过程中，认识得到了深化。孙思邈的成就，就反映了这一特点。
首先，孙思邈在伤寒证候的整理方面，突出了“方证同条，比类相附”孙思邈又以脏腑辨证法，将证候按脏腑分类。有意思的是孙氏仅取五脏、五腑，这与现比解剖概念相符合。如在肺脏证候中，除一般常见之喘、嗽、肺痿、肺痈、吐脓血、胸背引痛等皆归于肺脏中叙述外，还将飞尸鬼疰亦归入肺脏中，飞尸鬼疰类之肺结核，而孙氏将之类证于肺脏，似隐含着他已意识到此病与肺有关。
隋唐医家在以证候分类的同时，也注意同类间的鉴别。如外科的瘭疽(类似今之比脓性指头炎)和代指（甲沟炎)就放在同一类证中叙述，但作者明确指出二者区别，鉴于当时医者每多以瘭疽为代指，作者详细描述其不同证侯，并指出代指有缘爪甲边结脓之特症，从而作出明确的鉴别诊断。（孙思邈《备急千金要》卷22，P.106人民卫生出版社1955年），又如贼风和附骨疽，孙思邈详尽而生动地描述二者之异同，指出贼风痛而无热，久不化脓和附骨疽痛而壮热，久则化脓这些特征，令人信服地将两种性质不同的疾病明确地区别开来，而作出这些鉴别诊断正是隋唐医家对证候深入研究之结果，给掌握鉴别诊断方面以有益启迪。
四、注意预后分析
隋唐医家还很重观研究疾病的预后和转归，这对于准确地遣方用药是极有意义的。“治未病”的思想在《黄帝内经》早已提出。而治未病的内涵意义之一，即预知疾病发展的各种可能情况，从而及早预防，促使其向好的方面转化，力争阻断其向不利方面的发展。隋唐医家继承了这一光辉思想，提出了种种告诫和防治措施。
病由于糖代谢失常，机体抵抗力减弱而易罹感染，并易导致败血症之发生。一千四百多年前孙氏即敏锐地观察及此并提出预防之要，令人叹服。
《诸病源候论》中，同样也注意到了预后转归，如其曰“(黑疸候)黑疸之状，苦小腹病，身体尽黄，额上反黑，足下热，大便黑。是夫黄疸、酒疸、女劳疸，久久多变为男疸”，即临床上出现的诸多黄疸病、酒疸及女劳疸，日久不愈，均可变为黑疸，乃久病及肾，肝肾虚衰，瘀浊内阻之故。此时治病就棘手了。