《内经》初无命门之名，命门之说始于越人之三十六难，而曰肾有两，左为肾，右为命门，男子藏精，女子系胞。夫右肾既藏男子之精，则左肾将藏何物？女子之胞何独偏系于右？此其说之不能无疑也。
命门居两肾之中，而不偏于右，即妇人子宫之门户也。子宫者，肾脏藏精之府也，当关元、气海之间，男精女血皆聚于此，为先天真一之气，所谓坎中之真阳，为一身生化之原。此命门在两肾中间，而不可以独偏于右。两肾属水，有阴阳之分，命门属火，在二阴之中。故《脉经》以肾脉配两尺，但当曰左尺主真阴，右尺主真阳，而命门则为阳气之根，随三焦相火，以同见于右尺则可，若谓左肾则主于肾，而右肾偏为命门，此千古讹传之弊，而不得不亟正之者也。